我國博士研究生，至少是理工類博士生的科研能力訓練普遍不足。這里面有研究生培養理念與機制的問題。

　　改革開放以來，我國各行各業、各個領域都先后不同程度引進了新的機制。但是博士研究生教育變化不大，與科學研究不完全相關，仍然是自上而下下達博士招生指標，高校將指標分配給指導教師。在某種角度上可以說，博士招生指標是國家給博士指導教師無償使用的資源。傳統觀念認為，既然取得了博士生指導教師資格，就理所當然獲得博士招生指標和教學資源，至于博士生培養費用誰出與指導教師無關。這實際上是將博士研究生與本科生等同，而忽略了博士生是“準科研人員”的特殊角色。博士生指導教師應該是一種基本資格，是必要條件而不是充分條件，能否招生還取決于指導教師能否爭取到科研課題，包括經費是否充足。國內不少博士生指導教師根本沒有高水平研究課題和必要科研經費，甚至干脆沒有課題和經費也可以招生。這樣就造成博士生培養與實際的科學研究脫節，很難做到博士生科研能力的提高，至少在理工領域是這樣。

　　指導教師無課題無經費還導致博士生無法得到科研補貼，只能依靠微薄的普通獎學金(即國家生活補貼)生活。目前我國不少高校對博士生的補貼仍執行1994年的標準，每月280元，還不如社會低保標準。一些已婚博士生有家有口，生活都難以維持，何談安心學術？

　　從教育部直屬高校研究生參與研究與發展課題統計情況來看：參與科學研究與發展課題(基礎研究、應用研究、試驗發展)的研究生只占在校研究生總數的20%左右，參與科技服務課題(研究與發展成果應用、其他科技服務)的研究生占總數的比例更低于10%。我國博士研究生科研能力訓練的程度普遍不足。從博士生在讀期間在自然(《Nature》)、科學(《Science》)等頂尖級學術雜志上發表論文的數量來看，我國博士生的科研創新能力與美國相比有較大差距。有統計數據(1999-2002年)顯示，哈佛大學在讀博士生四年內在自然(《Nature》)上發表的論文為203篇、科學(《Science》)上發表的論文為184篇，而我國最有名的大學在讀博士生同期在這些雜志發表的論文屈指可數，聊勝于無。

　　與科學研究緊密結合是美國博士研究生教育的重要特征，其基本運作模式是：指導教師先通過競爭申請研究項目和經費，再根據項目的大小和經費的多少向學校提出招收博士生的數量，并向學校交付相應數額的培養費用。博士生的培養費用來自指導教師的科研項目，所以指導教師對博士生的要求也很苛刻，這樣在“做真題”的研究過程中博士生科研創新能力得到很大提高。這種情況在國內常被指為“給老板打工”，多有詬病。如果博士生自籌培養經費不需要指導教師的項目支持，一般來說，指導教師對博士生也不會太“為難”，效果如何呢？未必就好！美國有專項調查顯示，很多博士生獲得連續四年的全額獎學金，不需要從導師的科研項目中獲得經費資助，并不能產生良好的培養效果，這些博士生沒能獲得足夠的訓練，科研成果也不多。當然如果指導教師沒能申請到項目和經費，無法支付培養費用，有水平也無法招收博士生。美國高校這種科研項目——經費支持——博士生培養“三連貫”的模式在自然科學領域體現得尤為明顯。美國國家科學基金會對博士學位獲得者的調查表明，理工科博士生完成學業，60%以上的資助來自指導教師的科研經費。目前我國高校條件逐步成熟，應轉變觀念，開始推進研究生培養機制改革，讓博士生的培養與科學研究掛鉤，調整導師與研究生的關系，使研究生的科研素質經過培養，真正得到提高。