2003年以來，國內輿論對我國兩院院士制度的批評與質疑聲音越來越大，有人甚至提出取消院士制度。中國校友會網大學評價課題組首席專家、中南大學蔡言厚教授分析指出，設置院士制度是國際學術界的通行做法，我國現行兩院院士制度的確存在一些不足，但是并不能以此為理由取消院士制度，最佳策略是在批評中不斷完善。對此課題組提出完善我國院士制度的2大建議。

　　一、建議國際、國內重大科技獎勵和學術榮譽獲得者直接入選兩院院士

　　目前我國兩院院士增選一般經歷推薦、公示、通信評審、會議評審四個階段，主要采用由學部院士對本學部的候選人進行無記名投票進行，為彌補選舉投票制度存在的缺陷和對最新重大前沿科技進展的忽視，中南大學蔡言厚教授建議將國際國內重大科技獎勵和學術榮譽的獲得者直接提名入選兩院院士，僅需公示，無需進行投票。關于直接入選院士的國際國內重大科技獎勵的級別和國際重大學術榮譽的類型由院士大會通過的院士章程予以明確規定，參考層次和類型包括：

　　“國際重大科技獎勵獲得者”是指獲得諾貝爾獎、菲爾茲獎和沃爾夫獎以及其他國際公認權威獎項的中國籍學者;“國際重大學術榮譽獲得者”是指當選為美國、英國、法國和俄羅斯等國科學院和工程院外籍院士的中國籍學者。由中國科學院和中國工程院認定并提名推薦，直接入選兩院院士。

　　“國內重大科技獎勵獲得者”是指國家最高科學技術獎、國家自然科學獎一等獎、國家技術發明獎一等獎、國家科學技術進步獎特等獎等的多次獲得者，由國家科學技術獎勵委員會認定并提名推薦，直接入選兩院院士。

　　“國家科學技術獎”是我國科學技術的最高層次的獎勵，獲獎成果是我國科學技術成就的最高展示、綜合國力的重要體現。國內重大科技獎勵獲得者直接入選兩院院士可以彰顯國家科學技術獎在我國科學技術界的崇高榮譽，提升國家科學技術獎的國際影響，也是對獲獎者科學成就的充分肯定，同時也能激勵全國科研人員的自主創新精神。

　　二、建議中國科學院恢復哲學社會科學學部或國家設立“文科院士”，糾正科學界“重理輕文”現象

　　院士制度是一個國家科學和文化的最高象征，是一個國家健康發展的標志。而哲學社會科學發展水平是一個國家和民族的人文精神與思想深度的重要體現，人們常常將哲學社會科學和自然科學比作“車之兩輪”、“鳥之兩翼”。中南大學蔡言厚教授建議中國科學院恢復哲學社會科學學部或國家設立“文科院士”制度，以更好地推動我國人文社會科學事業的健康發展。