最新出版的《中國高等教育評估》雜志刊登了中國管理科學研究院武書連、呂嘉、郭石林的《2006中國大學研究生院評價》。清華大學研究生院、北京大學研究生院、浙江大學研究生院連續5年蟬聯前3名。進入前10名的大學還有：上海交通大學第4名、復旦大學第5名、南京大學第6名、華中科技大學第7名、中山大學第8名、武漢大學第9名、中國科學技術大學第10名。

與上一年度的前10名相比較，清華大學研究生院、北京大學研究生院、浙江大學研究生院繼續以明顯的優勢領先全國其他大學，清華、北大、浙大保持前三名已經連續五年。上海交通大學與上海第二醫科大學合并后，新上海交通大學研究生院上升到第4名。復旦大學研究生院由第4名下降到第5名，南京大學研究生院由第5名下降到第6名，華中科技大學研究生院保持第7名不變，中山大學研究生院由第10名上升到第8名，武漢大學研究生院由第8名下跌到第9名，中國科學技術大學研究生院進入前10名，吉林大學研究生院跌出前10名。
　　武書連指出，本年度清華大學研究生院的得分不包括清華大學北京協和醫學院的得分。他說，幾年來，《中國大學評價》課題組一直關注清華大學與中國協和醫科大學的關系，但清華大學與中國協和醫科大學合作了幾年究竟是什么關系卻一直不得要領。中國協和醫科大學與中國醫學科學院實行院校合一的管理體制，實際是一個單位兩塊牌子，前不久中國協和醫科大學更名為北京協和醫學院，又名清華大學北京協和醫學院，那么現在北京協和醫學院的教學科研得分應該統計在清華大學名下還是統計在中國醫學科學院名下？這需要在體制上理順。

武書連強調，與前幾年相比，《2006中國大學研究生院評價》的數據采集和指標權重有以下幾個主要變化。
　　1、國內的中文源期刊采用了《中國大學評價》課題組創建的專門用于大學和科研單位學科評價的《科學引文數據庫》（Science Citation Database，英文縮寫：SCD）。《科學引文數據庫》采用各一級學科教學科研人員的人數比例與該一級學科期刊載文量比例相同的方法確定各一級學科期刊的入選數量。SCD的創建，使不同學科的科研人員能夠在同等投稿命中率的基礎上公平競爭，建立了自然科學與社會科學論文的一一對應關系，以及自然科學各一級學科、社會科學各一級學科論文的一一對應關系，實現了不同學科優秀論文數量的直接可比。
　　2、降低國外期刊論文得分。考慮到目前我國學者在國外期刊發表的論文的實際質量，將SCI源期刊論文由每篇3.8分降為3分，EI源期刊論文由每篇2.5分降為1.5分。國內論文保持每篇1.5分不變。
　　3、提高論文被引用得分。與高速增長的的論文數量相比，我國學者的論文被引用次數較低。為了使論文質量的評價更接近實際，將每篇論文每被引用一次由2.5分增加到3分（不含作者自引）。