妊娠期間，孕婦用藥通過胎盤屏障可以直接影響胚胎及胎兒。最嚴重的藥物毒性是影響胚胎分化和發育，導致胎兒畸形和功能障礙，與用藥時的胎齡密切相關。著床前期(卵子受精至受精卵著床于子宮內膜前)的受精卵在輸卵管腔和宮腔分泌液中，著床前期用藥對胚胎及胎兒的影響不大，藥物影響胚泡的必備條件是藥物必須進入分泌液中一定數量才能起作用，若藥物對胚泡的毒性極強，可以造成極早期流產。晚期胚泡著床后至12周左右是藥物的致畸期，此期胚胎、胎兒各器官處于高度分化、迅速發育、不斷形成的階段。心臟、腦最先分化發育，隨后眼、四肢等。此時孕婦用藥的毒性能干擾胚胎、胎兒組織細胞的正常分化，任何部位的細胞受到藥物毒性影響，均可能造成某一部位組織或器官發生畸形。藥物毒性作用出現越早，發生畸形越嚴重。妊娠12周以后直至分娩，胎兒各器官已形成，藥物致畸作用明顯減弱，但對尚未分化完全的器官(如生殖系統)，某些藥物還可能對其產生影響，而神經系統因在整個妊娠期間持續分化發育，故藥物對神經系統的影響一直存在。

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