非典型肺炎患者早期臨床表現為乏力、食欲下降，繼而出現明顯呼吸道癥狀，如劇烈咳嗽，痰少或痰中帶血，可有肌肉關節酸痛等全身癥狀，體格檢查通常無明顯異常，胸部X線可見兩肺條索狀或點片狀陰影，血常規示白細胞正常或偏低。

　　肺炎支原體肺炎

　　肺炎支原體可在呼吸道黏膜上皮內潛伏，部分患者無明顯癥狀；但大部分患者為顯性感染。該病在3歲以下兒童以上呼吸道感染多見，成人以肺炎表現為主。

　　該病潛伏期14～21天，起病緩慢。臨床特征為逐漸加重的咳嗽，患者通常在出現發熱、頭痛、全身不適后2天左右咳嗽頻率和嚴重度逐漸加重，痰少而白，非膿性，可有血絲。可伴有發熱，寒顫少，有較多肺部并發癥。1/3患者有肺外表現。各神經系統并發癥相對嚴重，可表現為腦炎、多發性神經炎、腦膜炎、吉蘭-巴雷綜合征等，及時使用大劑量皮質類固醇可使病情嚴重患者獲益。皮膚表現多樣，多數為多形性紅斑、紫癜等，嚴重者可發生史蒂文斯-約翰遜綜合征。血液系統主要表現為冷凝集素增加、亞臨床表現的血細胞減少等。患者肌肉酸痛、胃腸道癥狀（腹瀉等）較少，癥狀多輕微，有自限性，總病死率為1.4%.

　　肺炎衣原體肺炎

　　肺炎衣原體為嚴格的胞內寄植，人為唯一宿主，通過呼吸道分泌物傳染，在人口集中地區可小范圍流行。

　　肺炎衣原體可潛伏在體內，無任何癥狀，潛伏期長達數周。臨床表現缺乏特異性，相對有特點的即“雙階段疾病現象”：早期為咽部不適、聲音嘶啞等上呼吸道癥狀，可伴有發熱，數天甚至數周后上呼吸道癥狀逐漸減退，以咳嗽為主的下呼吸道癥狀逐漸明顯。免疫力正常人群病情輕，無需住院治療，即使行有效的抗生素治療，咳嗽等癥狀仍會持續相當長的時間。衣原體感染一般癥狀較輕，主要為肺—支氣管感染，很少累及呼吸系統以外器官。少數患者病情嚴重，總病死率為9%，多為繼發感染或合并癥。衣原體易導致持續、反復、隱匿感染。

　　軍團菌肺炎

　　軍團菌為胞內菌，以嗜肺軍團菌最常見，有多種血清型，1型是主要病原。軍團菌多為環境致病，水相關污染可導致局部暴發。重癥監護病房（ICU）肺炎患者中軍團菌是第二位的病原體。

　　在非典型肺炎中，軍團菌肺炎病情最重，未行有效治療病死率達45%.其臨床表現嚴重度差異極大，從輕微咳嗽、低熱、流感樣癥狀到高熱、精神異常，乃至呼吸衰竭。呼吸系統癥狀以咳嗽、胸痛為最常見，咳少量非膿痰，近一半患者有胸膜炎樣胸痛。全身癥狀較突出。50%患者有頭痛、定向力障礙、嗜睡等神經系統表現，腦脊液檢查多正常。20%～40%患者有腹瀉等消化道癥狀。累及泌尿系統時表現為鏡下血尿和蛋白尿，發生率為1/4～1/2.相對緩脈為軍團菌累及心臟的表現（排除其他原因后體溫＞39℃而心率無相應增快），存在于30%～50%患者中。肺外并發癥少見，有心肌炎、心包炎、腎小球腎炎、胰腺炎、腹膜炎等，總病死率達14%，應警惕下列臨床表現：①持續高熱，體溫＞40℃；②痰液標本中存在大量中性粒細胞而革蘭染色罕見細菌或僅有少量陰性桿菌；③低鈉血癥，血Na+≤130 mmol/L；④β-內酰胺類和氨基糖苷類抗生素治療無效；⑤不明原因的肺外表現，如腹瀉、腎功能衰竭、相對緩脈等；⑥發生于飲用水被軍團菌污染地區。

　　影像學檢查

　　影像學檢查不能確定是否為非典型病原體感染。支原體肺炎可表現為肺門部小片狀浸潤，胸膜滲出少；軍團菌可為快速進展的非對稱性雙肺浸潤，下葉多見，可有空洞，胸腔積液常見，且浸潤病灶吸收慢。肺炎衣原體感染影像學改變無特異性。

　　實驗室檢查

　　以下方法可明確呼吸道病原。

　　直接鏡檢或抗原檢測呼吸道分泌物中檢測出非典型病原可直接、迅速確診，但敏感性低。支原體不能用革蘭染色鑒別，直接免疫熒光、酶聯免疫吸附法（ELISA）等檢測抗原缺乏敏感性；衣原體檢測也缺乏特異方法。直接免疫熒光法檢測呼吸道、胸水等標本，軍團菌檢測敏感性達70%.軍團菌有一種熱穩定及有抗胰蛋白酶活性抗原，其血清濃度低，濃縮尿液濃度可提高30～100倍，易被檢出。該法特異性100%，敏感性90%，常用的有放射免疫法（RIA）、免疫層析法（ICT）、直接熒光抗體法（DFA）等，3h內可獲得軍團菌尿抗原檢測結果。發病后3天即可陽性，可持續2個月，甚至超過半年。軍團菌抗原出現早（早于IgM），可避免早期特異性治療影響抗體形成、免疫低下使免疫球蛋白水平達不到診斷標準等造成血清學假陰性，有助于早期診斷，但不能區分新發和既往感染，可結合血清IgM判斷。軍團菌尿抗原檢測僅對軍團菌1型（約占軍團菌的70%）有效。

　　病原培養

　　非典型病原體的培養均較為困難，肺炎支原體在不良環境中非常脆弱，需及時送檢并接種于專用細胞培養基。其生長緩慢，陽性結果需4～20天，陰性報告則需6周，培養陽性時仍需結合臨床表現確診。

　　肺炎衣原體培養需選擇特定細胞株，并通過微量免疫熒光（MIF）確認，3～7天可有結果。在排除支原體污染等后，分離培養陽性可確診衣原體感染。

　　軍團菌培養通常需1周，陽性結果有確診價值。軍團菌對生長條件有特殊要求，生長時需L-半胱氨酸和鐵鹽，從有機化合物中攝取營養，可利用氨基酸作為能量和碳源。目前公認陽性率高的培養基仍是活性碳酵母浸膏（BCYE）瓊脂培養基。近年來由于更簡便的檢測方法及非標準改良培養基的廣泛應用使培養陽性率下降。

　　血清學檢查

　　血清學檢測靈敏性、特異性均較好，但對部分早期患者或免疫力低下患者，敏感性較差。

　　支原體IgM抗體陽性是急性感染標志，但再次感染IgM可陰性；IgG在1個月后達峰值，持續數年，可用于流行病學調查。

　　血清學檢查是診斷衣原體感染的主要手段。微量免疫熒光法可鑒別IgM和IgG，并區分急性和既往感染。初次感染者IgM在發病后1周出現，可持續6個月；而IgG則在感染后6～8周出現。再次感染后一般無IgM，而IgG滴度可在1周內升至1:512.類風濕因子陽性者可出現假陽性。診斷標準為雙份血清抗體滴度呈4倍或以上增高；或IgM≥1:32，IgG≥1:512為急性感染，1:16≤IgG＜1:512為既往感染。ELISA檢測血清抗體特異性和敏感性也很高，在排除類風濕因子影響后診斷價值很高。

　　軍團菌感染后1周開始出現IgM抗體，2周后出現IgG抗體。間接免疫熒光法（IFA）檢查雙份血清抗體滴度呈4倍或以上增高、或≥1:128為急性感染。抗體高效價出現需要一定時間，發病1周后約有1/4的患者結果陽性；銅綠假單胞菌、結核菌等可出現假陽性，但效價不高。

　　特異性核酸檢測

　　PCR可檢測痰液、胸水、組織等標本，靈敏度和特異性很高。其關鍵是選擇特異引物，缺點是容易污染、存在假陽性和假陰性可能、操作過程尚需標準化和規范化。

　　診斷標準

　　2006年日本呼吸協會制定的《社區獲得性肺炎診治指南》首次嘗試推薦以臨床特征為主的非典型肺炎和細菌性肺炎鑒別診斷標準（主要針對輕至中度肺炎），其中非典型肺炎診斷標準為：①年齡＜60歲；②無或僅有輕微的基礎疾病；③頑固性咳嗽；④胸部體格檢查無明顯異常；⑤無痰或快速診斷試驗未發現病原體；⑥外周血白細胞計數＜10109/L.上述6條中滿足至少4條應考慮為非典型肺炎，該標準敏感性77.0%，特異性93.0%；滿足①~⑤至少3條應考慮為非典型肺炎，敏感性83.9%，特異性87.0%.

　　我國于1992年4月制定了《軍團菌肺炎診斷標準》（試行）。主要診斷依據：①有發熱、寒顫、咳嗽、胸痛等呼吸道癥狀；②胸部X線有炎癥性陰影；③呼吸道分泌物、痰、血或胸腔積液在BCYE或其他特殊培養基上培養有該細菌生長；④呼吸道分泌物直接涂片熒光抗體檢查陽性；⑤血IFA檢查前后兩次抗體效價呈4倍或以上增高（≥1:128），血試管凝集試驗（TAT）檢測前后兩次抗體效價呈4倍或以上增高（≥1:160），血微量凝集試驗（MAA）檢測前后兩次抗體效價呈4倍或以上增高（≥1:64）。

　　凡有①、②二項，并有③～⑤任一項者，可診斷嗜肺軍團菌肺炎。

　　對于IFA或TAT效價僅一次升高（前者≥1:256；后者≥1:320），同時臨床和X線有肺部炎癥表現的病例可考慮為可疑軍團菌肺炎。