消化系統有豐富的免疫組織，是重要的免疫器官。胃腸粘膜局部產生的SIgA、上皮層的IE細胞和M細胞固有層豐富的淋巴組織、大量漿細胞、T淋巴細胞、B淋巴細胞、肥大細胞和巨噬細胞等,組成了第一線粘膜免疫防衛系統。而肝臟的星狀細胞和肝血竇內的吞噬細胞，以及脾臟產生的抗體和補體，組成了消化系的第二線免疫防衛系統。近年的研究表明胃腸道免疫的失調在一些胃腸疾病的發生和發展中起著重要的作用。

　　消化系腫瘤的發生和發展，往往與全身和局部免疫監視功能失調有關、腫瘤本身及其分泌物具有抗原性，利用特異性抗體檢測這些抗原的存在，如AFP、CEA、CA19-9等，為消化系腫瘤的診斷提供廣闊前景。同時利用特異性抗體可以進行顯象診斷和導向治療。為提高機體抗腫瘤的免疫功能，用LAK細胞、轉移因子、特異性轉移因子白細胞介素Ⅱ、免疫核糖核酸、干擾素、胸腺肽等對腫瘤進行綜合治療，已取得某些臨床療效。