是機體免疫識別功能紊亂或嗜異性抗原使免疫系統對自身組織產生的異常反應，往往引起胃腸粘膜的破壞而致病。如

　　①慢性萎縮性胃炎。A型萎縮性胃炎可出現壁細胞抗體(PCA)和內因子抗體(IFA)，引起胃酸和維生素B12受體缺乏。B型萎縮性胃炎可出現胃泌素細胞抗體(GCA)和胃泌素受體抗體(GRA)，引起G細胞導致胃粘膜萎縮。

　　②炎癥性腸病。潰瘍性結腸炎患者可出現結腸上皮細胞抗體，其抗原與大腸桿菌O14型的脂多糖有共抗原決定簇。因而引起結腸粘膜破壞。血中出現免疫復合物和補體減少，可導致皮膚及其它腸外臟器的病變。克隆病可有T細胞免疫功能低下，其肉芽腫樣病變可能與遲發性變態反應有關。

　　③原發性膽汁性肝硬化。常出現抗線粒體抗體(AMA-抗M2)，陽性率可達90%以上。

　　④慢性肝病的免疫反應。肝和脾臟是重要免疫器官，慢性肝病多與免疫反應密切相關。病毒性肝炎所致肝細胞壞死，多由殺傷性T淋巴細胞與攜帶病毒的肝細胞發生免疫反應的結果。部分慢性活動性肝炎常出現高免疫球蛋白血癥。并出現抗平滑肌抗體(ASMA)和抗線粒體抗體(AMA)等自身抗體，同時細胞免疫調節失調，如T抑制細胞不足，與病變持續不易控制有關。