患者除有上腹不適、腹痛、噯氣、惡心、便秘或腹瀉等消化不良癥狀外，且有植物神經不平衡的表現，如心悸、失眠等，特別是癥狀常隨情緒變化而波動，暗示治療而緩解，提示本癥的可能性。進一步胃腸道X線檢查，顯示整個胃腸道的運動加速，結腸袋加深，張力增強，有時因結腸痙攣，降結腸以下呈線樣陰影。結腸鏡檢結腸粘膜無明顯異常。

　　必須強調指出，診斷胃腸道功能紊亂要十分慎重，在作出診斷之前必須排除器質性疾病尤其是胃腸道的惡性病變。本癥的多數患者情緒緊張，就醫時述訴繁多，滔滔不絕，有的將癥狀寫在紙上，唯恐遺漏。醫生首先應耐心地聽取和分析患者的陳述與患者親友提供的情況，仔細進行體格檢查與實驗室檢查。根據不同情況采取X線、內鏡檢查、胃液分析與糞便化驗等手段。必要時應行超聲、CT等檢查以排除肝、膽、胰等腹腔臟器病變。對于新近發病的老年患者，尤應進行周到細致的檢查，以防漏診其他嚴重的器質性疾病。初步診斷為胃腸道功能紊亂之后，還需密切隨訪，經過較長時間觀察才能肯定診斷。

　　本病應與各種器質性胃病、器質性腸病及各種內臟病變(肝、膽、胰)等進行鑒別。

　　神經性嘔吐須與慢性胃病、妊娠嘔吐、尿毒癥等鑒別，還應著重與顱內占位性病變，特別是腦瘤鑒別;神經性厭食須與胃癌、早期妊娠反應、垂體或腎上皮質功能減退鑒別。腸激惹綜合征與早期潰瘍性結腸炎、克隆病、結腸癌及痢疾等鑒別，還須與甲狀腺功能亢進、吸收不良綜合征等鑒別。