消化系統有豐富的免疫組織，是重要的免疫器官。胃腸粘膜局部產生的SIgA、上皮層的IE細胞和M細胞固有層豐富的淋巴組織、大量漿細胞、T淋巴細胞、B淋巴細胞、肥大細胞和巨噬細胞等，組成了第一線粘膜免疫防衛系統。而肝臟的星狀細胞和肝血竇內的吞噬細胞，以及脾臟產生的抗體和補體醫`學教育網整理，組成了消化系的第二線免疫防衛系統。近年的研究表明胃腸道免疫的失調在一些胃腸疾病的發生和發展中起著重要的作用。

　　消化道免疫不全：

　　無論原發性或繼發性免疫不全均常出現消化系統的病變，最常見者為粘膜萎縮和繼發性感染，導致吸收不良和腹瀉，甚至腫瘤。

　�、倌c粘膜微絨毛萎縮引起乳糜瀉及吸收不良綜合征。

　�、谝滓�起胃腸道和呼吸道感染，如白色念珠菌和梨形鞭毛蟲感染。

　　③先天性選擇性IgA缺乏的病人，胃腸粘膜缺乏成熟的SIgA，不能中和或抑制過敏原的吸收，易發生食物過敏和哮喘。

　�、苣c道抗原吸收過多，易產生嗜異性抗原-抗體復合物，誘發紅斑狼瘡、干燥綜合征、類風濕性關節炎及甲狀腺炎等自身免疫性疾病。

　　⑤致癌性病毒或致癌物質吸收增加誘發胃腸癌、淋巴瘤及肉瘤的發生。

　　⑥α-重鏈病是異常的漿細胞對小腸粘膜固有層及腸系膜淋巴結的廣泛浸潤，引起腸粘膜絨毛萎縮導致吸收不良。

　　⑦近年來發現的艾滋病(AIDS)，因HTLV-Ⅲ病毒破壞輔助性T淋巴細胞，導致全身和胃腸粘膜的體液和細胞免疫功能喪失，引起感染而發生吸收不良和腹瀉。