CML的自然病程可分為慢性期和急變期，兩期之間可能有一個移行階段，稱為加速期(acceleratedphase)。

　　一、慢性期

　　此期病情穩定，平均為3年，也有個別可長達10-20年。近幾年來由于采取有效的治療，可使急變期再回到慢性期，獲得第二次穩定期。

　　二、加速期

　　是指患者在慢性期的治療過程中出現病情進展的各種征象，但尚未達到急性的標準。此期表現有：血及骨髓原始細胞>5%而<20%;骨髓膠原纖維增加;無其他原因出現貧血和血小板減少或血小板增高(>1000×109/L);出現新的核型異常，體外GMCFU生長異常以及白細胞攝取胸腺嘧啶脫氧核苷增加等均可作為判斷加速期的指標。

　　三、急變期

　　骨髓或外周血原始細胞≥20%;或原始加早幼粒細胞，外周血達30%，骨髓達50%;或出現髓外原始細胞浸潤。

　　急變的細胞形態，急粒變占60%;急淋變占20%;未分化占15%;其余可為紅系，巨核或混合性變。一旦發生急變，獲第2次完全緩解<30%，中數生存期2-6月。