腎結核的病理變化與機體內其他器官的結核病變相同，可分為①結節型;②潰瘍空洞型;③纖維鈣化型。早期的臨床前期腎結核病變為結核桿菌在腎小球發生粟粒樣灰白色結核結節，結節中央常發生干酪樣壞死，周圍為結核性肉芽組織，由成團的上皮樣細胞夾雜著少數多核巨細胞(朗罕巨細胞)和淋巴細胞、纖維細胞等。如病變未能愈合而擴張蔓延，則發展成為臨床期腎結核。

　　臨床期腎結核的病理變化為腎小球內的粟粒樣結核結節逐漸擴展到腎乳頭處潰破，以后累及腎盞粘膜，形成不規則潰瘍，病變通過腎盞、腎盂直接向遠處蔓延或者結核桿菌由腎臟的淋巴管道擴散至全部腎臟。當腎乳頭部結核結節中央的干酪樣壞死物質發生液化以后排入腎盂形成結核性空洞，這種空洞可局限在腎臟的一部分亦可波及整個腎臟而成為“結核性膿腎”。這種類型的病理變化在臨床上最為多見。在一部分病人中，若機體的抵抗力增強，可使干酪樣物質濃縮而不發生液化并引起廣泛的纖維組織增生和鈣化，臨床上稱為“自截腎”或“灰泥腎”。在臨床上雖然病變發展到鈣化自截階段，但實際的病理上往往是干酪空洞、纖維萎縮、硬結鈣化混合存在，在干酪樣物質中還可有結核桿菌存在。

　　腎結核病變直接向下蔓延或者病灶中結核桿菌經尿液播散可累及輸尿管粘膜、粘膜下層甚至肌層引起結核結節、干酪樣壞死及潰瘍。繼之發生纖維組織增生，導致輸尿管腔部分閉鎖，粗細不均，內腔粗糙不平。病變廣泛者可波及全程輸尿管，成為一條僵直索條，使輸尿管縮短，導致膀胱內輸尿管口向上內縮而呈凹陷的洞穴。

　　臨床期腎結核階段結核侵及輸尿管而管腔通暢尚未閉塞時期，結核病變的直接蔓延或結核桿菌在膀胱內接觸播散，均可導致膀胱結核的發生。最初引起的是粘膜充血水腫，以后形成結核結節或潰瘍，這種膀胱的早期病變常局限于腎臟病變的同側輸尿管口周圍，以后擴散到整個膀胱。如病變發展，可侵入肌層，造成膀胱組織纖維化，使膀胱壁收縮失去彈性，容量減少，最后形成膀胱攣縮，并累及對側輸尿管和腎臟形成擴張積水。

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