本病臨床上需和下列有全血細胞減少的疾病鑒別：

　　一、急性非白血性白血病

　　起病急，常有貧血、出血及感染，多有肝、脾或淋巴結腫大、胸骨壓痛。白細胞計數減低，血片中很少或完全找不到原始或幼稚白細胞，但骨髓中原始(淋、粒或單核)細胞明顯增多。

　　二、陣發性睡眠性血紅蛋白尿

　　本病是由于紅細胞膜結構的變異，對補體特別敏感而引起的一種獲得性慢性血管內溶血。病史中睡眠時發作之血紅蛋白尿(尿呈葡萄酒色)。本病于病程中約有1/4-1/2的患者可并發再障，此時骨髓顯示增生減低伴全血細胞減少，臨床上稱為再生障礙性貧血-陣發性睡眠性血紅蛋白尿綜合征。故兩者關系密切，診斷時必需除外陣發性睡眠性血紅蛋白尿。后者化驗時除網織紅細胞增高外，有關溶血試驗如酸化血清溶血試驗、蔗糖溶血試驗、尿中含鐵血黃素試驗可呈陽性，此外尚有中性粒細胞堿性磷酸酶含量明顯降低，而再障卻增高。

　　三、骨髓增殖異常綜合征(MDS)

　　本病是一組病因不明的骨髓造血干細胞造血功能異常的血液病。其特征為外周血中一系或多系血細胞持續減少，一般抗貧血治療無效;骨髓增生活躍或明顯活躍;骨髓中紅、粒和巨核系均有形態異常、可見小巨核細胞;多見于老年;預后不良，其終末期多轉化為急性非淋巴細胞白血病，或嚴重貧血，出血或感染致死。

　　其中最難區別的是低增生的骨髓增生異常綜合征，本病紅系有巨幼樣變和環形鐵粒幼細胞，粒系有Pelger-Huet核改變和Bull/-eye myelocyte，血小板機能異常，血小板數與出血不相稱，細胞遺傳學檢查有助于診斷。

　　四、惡性組織細胞病

　　本病有全血細胞減少，但往往伴①高熱;②肝、脾、淋巴結腫大;③骨髓檢查有異常組織細胞，與再障有別。

　　五、急性造血功能停滯

　　本病常在溶血性貧血、或正常骨髓伴有感染發燒的患者中發生。全血細胞減少，網織紅細胞可降至0%，骨髓紅細胞系減少，故類似再障。但在病程早期骨髓出現巨大原始紅細胞。本病是一種自限性疾病，預后良好，易與再障區別。

　　六、營養性巨幼細胞性貧血

　　本病有營養不良的歷史，有明顯的消化道癥狀，血象為大細胞性貧血，中性粒細胞核分葉過多，骨髓增生活躍，出現較多巨幼紅細胞，血清葉酸或維生素B12值減低，對葉酸或維生素B12治療效果良好。

　　七、脾功能亢進

　　外周血全血細胞減少，但脾臟明顯腫大，骨髓增生活躍。