藥物種類繁多，作用各異，加之人的種族及個體差異的變化，因此，藥物不良反應發生的原因是很復雜的，歸納起來有如下兩方面的因素：

　　(1)藥物方面的因素

　　①藥理作用：這是藥物的共同特性，這往往與藥物對機體效應器(即藥物作用于機體的器官或受體)的選擇性不強有關，如應用氯丙嗪治療精神分裂癥時出現帕金森綜合癥，是由于它在阻斷邊緣系統的多巴胺受體，又阻斷了紋狀體的多巴胺受體，產生以震顫為主的癥狀，如刻板式的運動障礙。

　　②方法和劑量的影響：熟悉藥物的給藥方法和治療劑量，可減少不良反應的發生;反之，會加重藥物的不良反應。靜滴或肌注慶大霉素治療胃腸道感染，可出現對腎臟和第八對腦神經的損害，隨使用劑量的加大，不良反應則加重;口服慶大霉素也可治療胃腸道感染，卻可避免對腎臟損害。

　　③藥物相互作用：多種藥物合用時，有的藥物可影響另一藥物的吸收、分布、代謝、排泄，使藥效發生變化而產生毒性作用。據資料報道，兩藥并用，不良反應發生率占4.2%，6-10種藥并用，則不良反應發生率增至7.4%.

　　④藥品質量：藥品在生產、運輸、保存過程中，混入雜質或受到污染，而引起嚴重的不良反應，如青霉素中聚合物(青霉烯酸、青梅噻唑等)是致敏物(半抗原)。

　　⑤藥物的劑型和賦形劑：藥物的劑型不同、生物利用度不同和血藥濃度不同。如血漿藥物濃度增加過快，可出現不良反應。此外，賦形劑的改變亦可引起不良反應的發生，有時產生嚴重不良反應。

　　(2)機體方面的因素

　　①種族的差異：人中不同，對藥物敏感成都不同，如甲基多巴所致溶血性貧血，不同種族發生率不同，高加索人直接抗人球蛋白試驗有15%陽性;中國人、非洲人均不發生陽性反應。

　　②性別：氯霉素和保泰松致粒細胞缺乏癥的發生率，女性遠遠高于男性。

　　③年齡：老年人排泄藥物較慢，藥物的血漿半衰期延長。老年人的血漿蛋白含量較低，結合藥物的能力也有降低，血漿中有活性的游離藥物增加，藥效增加，易發生不良反應。據統計，60歲以下者，藥物不良反應發生率為6.3%;60歲以上者為15%.此外，嬰幼兒代謝和排泄藥物功能不全，而對藥物的敏感性較高，不良反應發生率較高。

　　④病理狀態：肝、腎功能不全者，不利于藥物的代謝和排泄，使藥物血濃度增高，作用時間延長，藥物不良反應的發生率亦增高，甚至發生嚴重后果。