兩個通過直接接觸，在暫時的溝通中進行基因轉移的過程為接合。這一過程不是在所有細菌之間均可發生。只有那些具有F因子或類似F因子傳遞裝置的細菌才能接合。接合中，有F因子的細菌相當于雌性菌。因此接合看作是細菌的有性生殖過程，又稱為細菌雜交。

　　細菌的接合最早在大腸桿菌中發現，以后在其他菌中也觀察到，主要見于革蘭氏陰性菌。在電鏡下可觀察到細菌間借伸長的性菌毛進行接合。細菌能在接合中作為基因傳遞供體取決于致育因子(Fertility factor)又稱F因子。這是最早發現的一種質粒。F因子編碼在細菌表面產生性菌毛。F因子的特性為可以促進供體菌向受體菌傳遞色體DNA或質粒。F因子決定編碼的性菌毛可在供體與受體菌間形成交通通連接結構，從而可使兩個雜交細菌間形成胞漿內連接橋。F因子可以游離存大于胞漿內，也可與細菌染色體整合。如果F因子游離存在于胞漿內，接合時僅F因子DNA可通過胞漿的連接橋進入受體菌。然而F因子轉移的特點為，從一個起始點開始，僅有一條DNA鏈進入受體菌，以后供體、受體菌分別以一條DNA鏈為模板，以滾環式復制另一條互補鏈，形成完整的雙鏈F因子。這一特性使F因子與其他能通過接合傳遞的細菌質粒一樣，在細菌群體中傳播，類似引起傳染，即原來的F+菌仍為F+，而F-受體菌可變成F-菌。

　　除F因子外，發現耐質粒R因子中有些亦可通過接合而傳遞，另一些則不能傳遞。R因子是1959年由日本學者所發現。他們對一批應用常用抗生素治療無效的痢疾患者糞便中分離到的痢疾桿菌進行分析，發現細菌中有一種能同時耐幾種抗生素的基因。這種基因存在于細胞漿中，可通過類似F因子的方式在細菌間傳遞。以后發現這類質粒中可通過接合轉移者除有決定耐藥性的r區段DNA外，還有傳遞區段(RTF,Resistance trarnsfer factor)。RTF決定性菌毛的形成，通過接合而傳遞。如果只有r區段而無RTF區段則不能過接合傳遞。必須經傳遞性質粒帶動、噬菌體轉導或以轉化方式轉入受體菌。

　　R因子決定細菌耐藥性的問題是臨床治療中的大問題。R因子決定耐藥性的機制，現已了解者為：1.質粒基因可編碼產生各種純化酶,如金黃色葡萄球菌耐藥性質粒編碼青霉素酶,耐氨芐青霉素的腸道桿菌質粒中編碼能使β內酰胺環水解的酶。2.R因子通過控制一些細菌細胞膜的通透性,使四環素不能進入菌體。3.R因子通過阻止抗生素與細菌細胞內的作用部位(靶)結合,使細菌耐藥。如紅霉素通過與細菌核蛋白體結合而阻止蛋白質合成。R因子編碼甲基酶,通過使核蛋白體上某些分子的甲基化,使結霉素不能與之結合而失去作用。由于R因子可通過接合的種、屬不同的細菌間轉移，因此有些痢疾桿菌即使未與藥物接觸過，但可自耐藥的大腸桿菌獲得R因子而耐藥。目前有學者主張應及時了解醫院內細菌的R因子質粒耐藥圖譜，輪流選用抗生素以達到較好的治療效果。

　　除了上述各種基因轉移的方式外，還發現了一類能在質粒之間或質粒與染色體之間自行轉移位置的核苷酸序列，稱為轉座因子(Trnasposible elements)。其中最簡單者僅有1，000個堿基對。只具有編碼轉移決定子的基因，稱為插入順序。還有一些分子量較大者為轉座子。一般轉座的DNA鏈末端有互補及倒置重復序列，從而一條單鏈即可自己形成環狀結構。轉座子插入細菌染色體后，因在插入部位影響了細菌染色體DNA的正常結構，可致細菌失去某些功能。如耐藥基因。產生細菌霉素或某些酶的基因等。轉座子攜帶的這些基因在即使與受體菌無核酸同源性的情況下仍可傳遞轉移。因此轉座子與質粒一樣在構成致病性、耐藥性菌中占有重要地位。