現代植物分類是按照植物形態的異同、習性的差別以及親緣關系的遠近系統排列的。因此，一般說來，在植物分類系統中位置愈接近的植物，它們的親緣關系就愈接近。植物分類系統與化學成分的關系，實際上是指植物親緣關系與化學成分的關系。

　　一般說來與廣泛存在于植物界的代謝產物有更近似化學結構的簡單化學成分(如黃嘌吟與咖啡堿化學結構很近似)，在植物界的分布較廣，分布的規律性不明顯。有些化學成分在系統發育過程中，經過一系列的突變，因而結構也較復雜，如馬錢子堿、奎寧等。這類物質的分布往往只限于某一狹小范圍的分類群中。但某些起源古老的成分，雖經一系列突變，結構亦較復雜，但它們在植物界中的分布，還是有一定范圍的，理而且這種類型成分與植物親緣之間的聯系表現得更為明顯和突出，例如上述異喹啉類生物堿的分布。