一般在進行提取、分離、精制過程中即可獲得對中藥化學成分的部分理化性質(如酸堿性、極性、色譜行為及顯色反應等)的認識，文獻中有關其原植物或親緣植物成分的記述，進行綜合分析，逐漸縮小范圍，有針對性的查對文獻，初步判斷化合物類型。中藥化學成分結構研究一般主要包括以下程序和內容。

　　1.化合物的純度測定

　　這是鑒定或測定其化學結構的前提。化合物的純度測定一般常用各種色譜法，此外，固體物質還可通過測定其熔點，考察其熔距的大小作為純度的參考。液體物質還楞通過測定沸點、沸程、折光率及比重等判斷其純度。

　　2.物理常數測定

　　物理常數測定包括熔點、沸點、比旋度、折光率和比重等。

　　3.測定分子量、確定分子式、計算不飽和度

　　最常用的是質譜法。高分辨質譜法不僅可以給出化合物的精確分子量，還可以直接給出化合物的分子式。計算出化合物的不飽和度，推測出結構中可能含有的雙鍵數或環數。

　　4.結構骨架和官能團的確定

　　通過化學分析方法、測定并解析化合物的有關波譜等，可確定分子的基本骨架以及含有的官能團。

　　5.確定分子的平面結構

　　綜合理化分析和各種波譜數據解析結果，推定化合物的分子平面結構。

　　6.確定化合物的立體結構

　　在以上研究的基礎上，根據具體需要情況，測定化合物圓二色譜、旋光譜、NOE譜、2D-NMR譜或進行X線晶體衍射或進行人工合成，推斷并確定化合物的立體結構。