植物色素類(Phytochromes)在中草藥中分布很廣，主要有脂溶往色素與水溶性色素兩類。

　　脂溶性色素主要為葉綠素、葉黃素與胡蘿卜素，三者常共存。此外尚有藏紅花素、辣椒紅素等。除葉綠素外，多為四萜衍生物。這類色素不溶于水。難溶于甲醇，易溶于高濃度乙醇、乙醚、氯仿、苯等有機溶劑。胡蘿卜素在乙醇中也不溶。葉綠素等在制備中草藥制劑或提取其他有效成分時常須作為雜質去除，以使藥物純化，中草藥(特別是葉類、全草類)的乙醇提取液中含有多量葉綠素、可在濃縮液中加水使之沉出，也可通過氧化鋁、碳酸鈣等吸附劑而除去。

　　葉綠素本身有抑菌作用，可制備成消炎的藥物。水溶性色素主要為花色甙類，又稱花青素，普遍存在于花中。溶于水及乙醇，不溶于乙醚、氯仿等有機溶劑，遇醋酸鉛試劑會沉淀，并能被活性炭吸附，其顏色隨pH的不同而會改變。花色甙在制備中草藥制劑或提取有效成分時，常作為雜質去除。