抗原性物質進入機體后激發免疫細胞活化，分化和效應過程稱之為免疫應答(immuneresponse)。但對這一過程的認識是隨著免疫學的發展逐步深化和建立較為完整的概念。在免疫學發展的早期，人們發現抗原性物質進入體內后可在血液中檢測出抗體，而對抗原是不產生應答的，其指導學說為側鏈學說和指令學說。

　　進入近代免疫學時期，已知淋巴細胞可能是抗體產生細胞，但尚無直接證明，實驗認為抗原只對抗體產生細胞起選擇激發作用，并且認為抗體只是由單一淋巴細胞克隆完成的，彼此無關聯。在這一時期已證明除存在體液免疫外，還存在有細胞免疫。對“自己”抗原提出了自身耐受的概念，在打破自身耐受的條件下可以發生自身免疫現象，并證明在自身免疫性疾病患者血清中有自身抗體存在。這一時期的指導學說是由Burnet提出的細胞系或克隆選擇學說。

　　進入現代免疫學時期，已證明在高等動物和人體內存在有結構復雜的免疫系統，是由免疫器官、免疫細胞和免疫分子組成的。同時也證明了免疫應答是由多細胞系完成的。并認為它們之間存在著相互協同的和相互制約的關系，在正常免疫生理條件下，它們處于動態平衡，借以維持機體的免疫穩定狀態。抗原進入可激發免疫系統打破了這種平衡，從而誘發了免疫應答，再建立新的平衡狀態。在此時期還證明了自身耐受是由多種機制形成的，存在著生理性“自身識別”與病理性“自身識別”。其指導學說是由Jerne提出的免疫網絡學說。