在蛋白質一級結構的測定中，肽的順序分析是比較重要的一步。肽的順序分析也有化學法和酶解法兩種。

　　1)化學法�睧dman降解法

　　這是目前用于順序分析的最主要的方法。它的原理是從N端開始，逐步降解。將肽先與異硫氰酸苯酯(PTH試劑)在pH8-9條件下作用，肽的NH2末端接到異硫氰酸苯酯的C原子上生成苯異硫甲氨酰肽，簡稱PTC�搽模�在強酸作用下，可使靠近PTC基的氨基酸環化，肽鍵斷裂形成苯氨基噻唑啉酮衍生物和一個失去末端氨基酸的肽鏈。此肽不被破壞，因而又可出現一個新的N-末端。重復以上的步驟，繼續與PTH試劑作用，繼續分析，苯氨基噻唑啉酮衍生物很容易由有機溶劑抽提出來進行鑒定。但此衍生物很不穩定，在水中可轉化為穩定的乙內酰苯硫脲氨基酸(PTH-氨基酸)。這些步驟通常稱為Edman氏逐步降解法。所以可用來測定氨基酸的排列順序。Edman降解法的優點是樣品用量少，靈敏度高。

　　PTH-氨基酸的鑒定可以用各種層析方法，如紙層析、薄層層析、氣相層析和質譜法等，現在多用高壓液相層析法。雖然此方法具有很多優點，但是由于操作繁瑣，工作量大，所以目前有人根據Edman降解的原理作一系列改進。

　　下面簡單介紹幾種方法

　　A.1967年Edman及Begg介紹了一種Edman降解的液相自動分析裝置，使順序分析開始走向自動化。將樣品先在反應杯內旋轉成薄膜，使之固定。然后與PITC試劑反應。再用有機溶劑多次抽提除去過剩試劑，因而樣品易丟失，且儀器昂貴，使用受到限制。

　　B.1970年Laursen改進為固相氨基酸順序儀。此法樣品用量少，檢出靈敏，可分析20?0肽，其原理是將肽共價結合到惰性支持物上，固定后裝柱再行Edman降解。

　　固相順序儀的惰性支持物有：

　　此法成功的關鍵是肽段的固定，目前采用C端α�掺然�固定法，重復法高，其中以高絲氨酸內酯法及雙異硫氰酯法(DITC)最好，固定率可達90-95%。

　　C.另外也有從化學反應的角度考慮，試圖改進Edman方法。1976年有人將異硫氰酸苯酯的苯基改變為甲氨偶氮苯，試劑為甲氨偶氨苯�伯惲蚯杷猁}(簡稱DABITC)。這是一種有色試劑，產物DABIH�舶被�酸呈桔黃色，因此鑒定時無需染色，用肉眼即可分辨。此方法靈敏度很高，一次分析小肽段只要幾個nanomole樣品即可，是目前一種很可取的方法。此外也有人將異硫氰酸酯進行��35S標記，使分析樣品更向微量化方向發展。

　　2)酶解法�搽淖V重迭法

　　分析肽段也可采用酶解法，利用專一性不同的兩種酶將一個肽分別斷裂成更小的寡肽，比較兩種方法所得之肽段的重復性，進行氨基酸順序的裝配。例如，有一個肽段，通過氨基酸組成分析已知其為十肽，假如先以糜蛋白酶水解，則得到一套寡肽，再以胰蛋白酶水解此十肽，得到另一套寡肽。分析結果如下：

　　Ala·Phe+Gly·Lys·Asn·Tyr+Arg·Trp+His·Val

　　糜蛋白酶水解

　　+肽(Ala·Phe·Gly·Lys·Asn·Tyr·Arg·Trp·His·Val)

　　胰蛋白酶水解

　　Ala·Phe·Gly·Lys+Asa·Tyr·Arg+Trp·His·Val

　　將此兩套寡肽可以做分析比較，因為十肽的N末端及C末端已事先測定分別為Ala及Val，因此第一段寡肽必然是Ala,Phe。如此類推如下

　　水解酶也可運用二肽酶，兩組可用同一種酶水解如第一套肽是A桞，C桪，E桭，G桯……第二套肽水解則先將該肽段N�捕饲腥ヒ粋�末位氨基酸，然后再開始二肽酶斷裂，結果是A，B桟，D桬，F桮……這樣分析比較也可排列出肽段順序。