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醫師資格考試醫學綜合筆試內容、考試形式以原衛生部醫師資格考試委員會審定頒布的《醫師資格考試大綱》為依據。醫學綜合筆試公衛執業助理醫師考試科目見表。
| 科目類別 | 公共衛生執業助理醫師 | |
| 比例 | 科目 | |
| 基礎醫學綜合 | 12% |
生物化學、生理學、藥理學 |
| 醫學人文綜合 | 8% |
醫學心理學、醫學倫理學、衛生法規 |
| 臨床醫學綜合 | 10% |
呼吸系統、心血管系統、消化系統、女性生殖系統、血液系統、內分泌系統、精神、神經系統、運動系統、兒科、傳染病、性傳播疾病疾病及其他 |
| 公共衛生綜合 | 70% |
流行病學、衛生統計學、環境衛生學、職業衛生與職業醫學、營養與食品衛生學、婦女保健學、兒童保健學、社會醫學、健康教育與健康促進 |
注：由國家衛生和計劃生育委員會醫師資格考試委員會批準，自2010年開始，現役軍人(包括軍隊、武警現役人員及公安部所屬的邊防、消防和警衛現役人員，不包括軍事單位聘用的地方人員)報考公衛執業助理醫師資格考試，除參加所報考類別的正常考試內容外，醫學綜合筆試還須增考軍事醫學內容。
軍事醫學考試內容單獨增設一個單元，公衛執業助理醫師增考題量為40道，總分為10分。
考試內容以原衛生部醫師資格考試委員會頒布的《醫師資格考試大綱(軍事醫學2013年版)》為依據，復習指導用書可參考部隊系統內部發行的《醫師資格考試軍事醫學應試指南》。
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