肺真菌病的治療包括抗生素藥物的應用、去除誘發因素、提高全身抵抗力等，需要手術的不多。

　　肺放線菌病青霉素治療本病有效，早期確診治療適當的可以痊愈。因病變區有纖維瘢痕組織，血供差，需長期治療(療程1～3個月，甚至更長至病灶痊愈)，大量藥物(青霉素每天600萬～2000萬U)。此外可合用磺胺類藥及碘化鉀，鏈霉素、氯霉素也有效。放線菌感染已造成組織破壞，形成膿腫的需手術治療，包括胸壁膿腫引流，膿胸引流，竇道及肋骨切除等，手術前后均需給大量青霉素治療。

　　肺曲霉球病須用兩性霉菌B與氟胞嘧啶聯合治療。曲菌球是否手術要全面考慮原發病變的情況，如已有咯血，必須切除。術間要注意胸腔曲霉菌污染及經支氣管播散問題。近年來常用支氣管動脈栓塞術控制曲霉菌球的大咯血，療效較好，但與其他病種大咯血的栓塞治療比較，曲霉菌球的大咯血復發率較高。血止后如患者全身及肺部情況允許手術的，仍以肺切除為佳。

　　肺諾卡菌病治療上磺胺嘧啶為首選藥物，視病情輕重給4～9g/d，使藥物血濃度達到0.1～0.15mg/L.給藥量需足夠，療程6～12個月，1個月后如病情好轉可適當減少藥量。復方磺胺甲基異噁唑、四環素、多西環素(強力霉素)、紅霉素及慶大霉素等也有效。磺胺類與氨芐西林(氨芐青霉素)有協同作用。局限性病變及有膿腫形成而藥物治療效果不佳的，可行肺切除及引流。