穿入(Penetration)是指病毒核酸或感染性核衣殼穿過細胞進入胞漿，開始病毒感染的細胞內期。主要有三種方式：

　　(1)融合(Fusion)，在細胞膜表面病毒囊膜與細胞膜融合，病毒的核衣殼進入胞漿。副粘病毒以融合方式進入，如麻疹病毒、腮腺炎病毒囊膜上有融合蛋白，帶有一段疏水氨基酸，介導細胞膜與病毒囊膜的融合。

　　(2)胞飲(Viropexis)，由于細胞膜內陷整個病毒被吞飲入胞內形成囊泡。胞飲是病毒穿入的常見方式，也是哺乳動物細胞本身具有一種攝取各種營養物質和激素的方式。當病毒與受體結合后，在細胞膜的特殊區域與病毒病毒一起內陷形成膜性囊泡，此時病毒在胞漿中仍被胞膜覆蓋。某些囊膜病毒，如流感病毒借助病毒的血凝素(HA)完成脂膜間的融合，囊泡內低Ph環境使HA蛋白的三維結構發生變化，從而介導病毒囊膜與囊泡膜的融合，病毒核衣殼進入胞漿。

　　(3)直接進入，某些無囊膜病毒，如脊髓灰質炎病毒與受體接角后，衣殼蛋白的多肽構形發生變化并對蛋白水解酶敏感，病毒核酸可直接穿越細胞膜到細胞漿中，而大部分蛋白衣殼仍留在胞膜外，這種進入的方式較為少見。

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