潛伏期4～21天，一般為10～14天。病毒初在單核巨噬細胞內繁殖，再釋放入血，多數人在感染后并不出現癥狀，但血液中抗體可升高，稱之隱性感染。部分人出現輕度的呼吸道癥狀;極少數患者，病毒通過血腦屏障造成中樞神經系統病變，出現腦炎癥狀。典型患者的病程可分四個階段：

　　(一)初熱期

　　病程第1～3天，體溫在1～2日內升高到38～39℃，伴頭痛、神情倦怠和嗜睡、惡心、嘔吐。小兒可有呼吸道癥狀或腹瀉。

　　(二)極期

　　病程第4～10天，進入極期后，突出表現為全身毒血癥狀及腦部損害癥狀。

　　1.高熱

　　是乙腦必有的表現。體溫高達39～40℃以上。輕者持續3～5天，一般7～10天，重者可達數周。熱度越高，熱程越長則病情越重。

　　2.意識障礙

　　大多數人在起病后1～3天出現不同程度的意識障礙，如嗜睡、昏迷。嗜睡常為乙腦早期特異性的表現。一般在7～10天左右恢復正常，重者持續1月以上。

　　3.驚厥或抽搐

　　是乙腦嚴重癥狀之一。由于腦部病變部位與程度不同，可表現輕度的手、足、面部抽搐或驚厥，也可為全身性陣發性抽搐或全身強直性痙攣，持續數分鐘至數十分鐘不等。

　　4.呼吸衰竭

　　是乙腦最為嚴重的癥狀，也是重要的死亡原因。主要是中樞性的呼吸衰竭，可由呼吸中樞損害、腦水腫、腦疝、低鈉性腦病等原因引起。表現為呼吸表淺，節律不整、雙吸氣、嘆息樣呼吸、呼吸暫停、潮氏呼吸以至呼吸停止。

　　中樞性呼吸衰竭可與外周性呼吸衰竭同時存在。外周性呼吸衰竭主要表現為呼吸困難、呼吸頻率改變、呼吸動度減弱、發紺，但節律始終整齊。

　　高熱、抽搐及呼吸衰竭是乙腦急性期的三聯癥，常互為因果，相互影響，加重病情。

　　5.腦膜刺激征

　　較大兒童及成人均有不同程度的腦膜刺激征。嬰兒多無此表現，但常有前囪隆起。

　　6.其他神經系統癥狀和體征

　　若錐體束受損，常出現肢體痙攣性癱瘓、肌張力增強，巴彬斯基征陽性。少數人可呈軟癱。小腦及動眼神經受累時，可發生眼球震顫、瞳孔擴或可縮小，不等大，對光反應遲鈍等;植物神經受損常有尿潴留、大小便失禁;淺反身減弱或消失，深反射亢進或消失。

　　7.其他

　　部分乙腦患者可發生循環衰竭，表現為血壓下降，脈博細速。偶有消化道出血。

　　多數病人在本期末體溫下降，病情改善，進入恢復期。少數病人因嚴重并發癥或腦部損害重而死于本期。

　　(三)恢復期

　　極期過后體溫在2～5天降至正常，昏迷轉為清醒，有的患者有一短期精神“呆滯階段”，以后言語、表情、運動及神經反射逐漸恢復正常。部分病人恢復較慢，需1～3個月以上。個別重癥病人表現為低熱、多汗、失語、癱瘓等。但經積極治療，常可在6個月內恢復。

　　(四)后遺癥期

　　雖經積極治療，部分患者在發病6個月后仍留有神經、精神癥狀，稱為后遺癥。發生率約5～20%.以失語、癱瘓及精神失常最為多見。如繼續積極治療，仍可望有一定程度的恢復。

　　根據病情輕重，乙腦可分為4型：

　　1.輕型

　　患者神志始終清晰，有不同程度嗜睡，一般無抽搐，腦膜刺激不明顯。體溫通常在38～39℃之間，多在一周內恢復，無恢復期癥狀。

　　2.中型

　　有意識障礙如昏睡或淺昏迷。腹壁反射和提睪反射消失。偶有抽搐。體溫常在40℃左右，病程約為10天，多無恢復期癥狀。

　　3.重型

　　神志昏迷，體溫在40℃以上，有反射或持續性抽搐。深反射先消失后亢進，淺反射消失，病理反射強陽性，常有定位病變。可出現呼吸衰竭。病程多在2周以上，恢復期常有不同程度的精神異常及癱瘓表現，部分病人可有后遺癥。

　　4.暴發型

　　少見。起病急驟，有高熱或超高熱，1～2天后迅速出現深昏迷并有反復強烈抽搐。如不積極搶救，可在短期內因中樞性呼吸衰竭而死亡。幸存者也常有嚴重后遺癥。

　　乙腦臨床癥狀以輕型和普通型居多，約占總病例數的三分之二。流行初期重型多見，流行后期輕型多見。