細菌性疾病的診斷,除個別因有特殊臨床癥狀不需細菌學診斷外(如破傷風引起的典型攣等)一般均需進行細菌學診斷以明確病因。然而自標本中分離到細菌并不一定意味該菌為疾病的病原，因此應根據病人的臨床情況、采集標本的部位、獲得的細菌種類進行綜合分析。

　　例如自腦脊液中分離出腦膜炎球菌與自鼻咽部可存在腦膜炎球菌的意義即有不同。因腦脊液正常應無菌存在，而5～10%正常人的鼻咽部分可存在腦膜炎球菌，為健康帶菌者。又如自血培養中分離到表皮葡萄球菌則應根據患者免疫狀態以及有無因采血時污染皮膚上存在的正常菌群進行分析，或再次作血培養，作血漿凝固酶測定，以確定其病原性。分離到的細菌常需做藥物敏感試驗，以供選用適當的藥物。有時尚需做毒力試驗以確定該菌株的致病性。由于細菌及其代謝產物具有抗原性，細菌性感染還可通過檢測抗體進行診斷。此外，近年來還發展起來通過檢測細菌的遺傳物質對細菌的遺傳物質對細菌進行診斷的新方法—基因診斷方法。細菌可能過變異株制備活菌苗，也可殺死細菌保存其抗原性以制備死菌苗。產生外毒素菌制備的類毒素、抗毒素等均有特異性防治的應用價值。