明代以前，在《難經·三十九難》“命門者……其氣與腎通”之說的影響下，把命門的功能籠統地包括在“腎氣”概念之中，認為命門的功能與腎的功能有相同之處。直到明代，命門學說得到進一步發展。綜合前人的論述，對命門的功能有以下幾種認識。

　　1.命門為原氣所系，是人體生命活動的原動力：“命門者，精神之所含，原氣之所系也”(《難經·八難》)。

　　2.命門藏精舍神，與生殖功能有密切關系：“命門者，精神之所舍也;男子以藏精，女子以系胞”(《難經·三十九難》)。說明命門是人體藏精舍神之處，男子以貯藏精氣，女子以聯系子宮。命門藏精舍神的功能，實為腎主生殖的一部分功能。陳修園則明確指出：“凡稱之曰門，皆指出入之處而言也。況身形未生之初，父母交會之際，男子施由此門出，女子受由此門人，及胎元既定，復由此門而生。故于八門即飛門、戶門、吸門、賁門、幽門、闌門、魄門等七沖門(加上溺竅空門)之外，重之曰命門也”(《醫學實在易》)。認為命門在女為產門，在男為精關。

　　3.命門為水火之宅，包括腎陰、腎陽的功能：“命門為元氣之根，水火之宅，五臟之陰非此不能滋，五臟之陽氣，非此不能發”(《景岳全書·傳忠錄·命門余義》)。“命門之火，謂之元氣，命門之水，謂之元精”(《類經附翼·求正錄》)。可見，張景岳認為命門的功能包括了腎陰、腎陽兩方面的作用。

　　4.命門內寓真火，為人身陽氣之根本：“命門者，先天之火也……心得命門而神明有主。如可以應物：肝得命門而謀慮，膽得命門而決斷，胃得命門而受納，脾得命門而轉輸，肺得命門而治節，大腸得命門而傳導，小腸得命門而布化，腎得命門而作強，三焦得命門而決瀆，膀胱得命門而收藏，無不借命門之火而溫養也”(《石室秘錄》)。這種觀點把命門的功能，稱為命門真火，或命火，也就是腎陽，是各臟腑功能活動的根本。所以周省吾則進一步強調：“命門者，人身之真陽，腎中之元陽是已，非另是一物”(《吳醫匯講》)。

　　縱觀歷代醫家對命門的認識：從形態言，有有形與無形之爭;從部位言，有右腎與兩腎之間之辨;從功能言，有主火與非火之爭。但對命門的主要生理功能，以及命門的生理功能與腎息息相通的認識是一致的。我們認為腎陽，亦即命門之火，腎陰，亦即張景岳所謂“命門之水”。腎陰，亦即真陰、元陰;腎陽，亦即真陽、元陽。古人言命門，無非是強調腎中陰陽的重要性。