期現套利交易對時間要求非常高，必須在短時間內完成期指的買賣以及許多股票的買賣，傳統的報價方式難以滿足這一要求，因此必需依賴程式交易（Program Trading）系統。

　　程式交易系統由四個子系統組成，套利機會發覺子系統，自動下單子系統，成交報告及結算子系統，風險管理子系統。

　　套利機會發覺子系統在運作時必須同步股票現貨市場與股指期貨市場的行情信息。除此之外，子系統內要預置與套利者自身有關的信息模塊，如無套利區間所需要的各種參數、各種股票組合模型及相應的誤差統計、套利規模的設定等。按此設計的套利機會發覺子系統將會及時發現市場是否存在套利機會，或及時發現對已有的套利頭寸是否存在了結的機會，一旦機會產生，便會向交易者發出提示或按照預定的程序向自動下單子系統發出下單指令。

　　成交報告及結算子系統的作用是對成交情況迅速進行結算并提供詳盡的報告，使套利者可以動態掌握套利交易情況，對其進行評估，并在必要時對原有套利模型進行修正。

　　風險管理子系統可以對模擬誤差風險及其他風險進行控制，同時它也會發揮管理指數期貨保證金賬戶的作用。

　　通過運用程式交易，套利者可以在較短的時間內發現套利機會，并且快速執行套利操作，從而有效獲取套利收益。