培養基配制后一般都有沉渣或混濁出現，需過濾成清晰透明后方可使用，常用的過濾方法如下：

　　1.液體培養基

　　液體培養基必須清晰，以便觀察細菌的生長情況，常用濾紙過濾，亦可在加熱前加入用水稀釋的雞蛋白(1000ml培養基用1個雞蛋白)在100℃加熱后保持60～70℃,40～60分鐘，使其不溶性物質附于凝固的蛋白上而沉淀，然后再用虹吸法吸出上清液或以濾紙過濾。

　　2.固體培養基

　　如系瓊脂培養基，于加熱融化后需趁熱以絨布或兩層紗布中夾脫脂棉過濾;亦可用自然沉淀法，即將瓊脂培養基盛人鋁鍋或廣口搪瓷容器內，以高壓(103.43kPa)蒸汽融化15分鐘后，靜置高壓鍋內過夜，次日將瓊脂傾出，用刀將底部沉渣切去，再融化即可收清晰的瓊脂培養基。