現(xiàn)代植物分類是按照植物形態(tài)的異同、習性的差別以及親緣關系的遠近系統(tǒng)排列的。因此，一般說來，在植物分類系統(tǒng)中位置愈接近的植物，它們的親緣關系就愈接近。植物分類系統(tǒng)與化學成分的關系，實際上是指植物親緣關系與化學成分的關系。

　　一般說來與廣泛存在于植物界的代謝產(chǎn)物有更近似化學結(jié)構(gòu)的簡單化學成分(如黃嘌吟與咖啡堿化學結(jié)構(gòu)很近似)，在植物界的分布較廣，分布的規(guī)律性不明顯。有些化學成分在系統(tǒng)發(fā)育過程中，經(jīng)過一系列的突變，因而結(jié)構(gòu)也較復雜，如馬錢子堿、奎寧等。這類物質(zhì)的分布往往只限于某一狹小范圍的分類群中。但某些起源古老的成分，雖經(jīng)一系列突變，結(jié)構(gòu)亦較復雜，但它們在植物界中的分布，還是有一定范圍的，理而且這種類型成分與植物親緣之間的聯(lián)系表現(xiàn)得更為明顯和突出，例如上述異喹啉類生物堿的分布。