雖然至今仍不能完全明確口腔潰瘍的確切病因，但多數學者認為口腔潰瘍的發生是多種因素綜合作用的結果。免疫、遺傳和環境可能是口腔潰瘍發病的“三聯因素”，即遺傳背景與適當的環境因素(包括精神神經體質、心理行為狀態、生活工作和社會環境等)可引發異常的免疫反應而出現口腔潰瘍特征性病損。也有人提出“二聯因素”論，即外源性因素(病毒和細菌)和內源性誘導因素(激素的變化、精神心理因素、營養缺乏、系統性疾病及免疫功能紊亂)相互作用而致病。大多數醫生認為，口腔潰瘍與以下因素有關：

　　1、消化系統疾病及功能紊亂

　　患系統性疾病的患者易發生口腔潰瘍，主要是通過影響免疫系統而致病。口腔潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結腸炎、局限性腸炎、肝炎等有關。研究表明：30%-48%的口腔潰瘍患者有消化道疾病，如腹脹、腹瀉或便秘等情況。其中9%以上有消化道潰瘍。

　　2、內分泌變化

　　有些女性患者往往在月經期發生，可能與體內雌激素量下降有關。有些女性每逢經期或行經前后就會出現口腔潰瘍，用藥治療只能暫時緩解，下月行經時依然如故地出現，疼痛難忍，與此同時，還常伴有口干、心煩、易怒和大便干結等令人煩惱的癥狀。臨床研究發現，月經期出現口腔潰瘍主要是由于體內黃體酮水平增高而雌激素(孕酮等)的水平降低所致。

　　3、精神因素

　　有的患者在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下發病，可能與植物神經功能失調有關。

　　4、遺傳因素

　　如父母雙方均患有復發性口腔潰瘍時，其子女約有80— 90%患病，若雙親之一患此病時，其子女約有50—60%患病。

　　5、其他因素

　　如缺乏微量元素鋅、鐵、葉酸、維生素B12、營養不良等，可降低免疫功能，增加復發性口腔潰瘍發病的可能性。病毒可能是口腔潰瘍的始動因子，但目前尚未在患者血清中查出相關抗體，亦未見從口腔潰瘍病損組織中分離出病毒的報道。細菌對口腔潰瘍的作用已提出了多年，與口腔潰瘍關系密切的細菌有血鏈球菌及幽門螺桿菌。體內超氧自由基的生成和清除率不平衡、血栓素B2 和6酮前列腺素比例失調及總體水平下降可引發口腔潰瘍醫學教，育網搜集整理。微循環障礙致血流速度慢，血液流量低，毛細血管靜脈端管徑擴張，造成局部缺血、缺氧從而引起黏膜膜損傷，潰瘍形成。血清中缺鋅、缺鐵、高銅等與RAU的發生有一定相關性。有報道稱戒煙亦可誘發口腔潰瘍。牙膏中的成分12-烷硫酸鈉(SLS)可能刺激黏膜，誘發口腔潰瘍。 .

　　6、中醫病因機制

　　祖國醫學界早已對口腔潰瘍有記載。按照中醫的理論體系，口腔潰瘍有以下幾種病因：一是外感六淫，主要是燥、火兩邪，燥邪干澀，易傷津液，火為陽邪，其性炎上，津傷火灼，口瘡乃發。故口瘡多在秋季及氣候突變時容易復發。二是飲食不節，由于過食辛辣肥厚之品或偏食，致火熱內生，循經上攻，熏蒸口舌，并常耗傷心肺腎之陰津，致口瘡發生。三是情志過極，患者素日思慮過度，心煩不寐，五志郁而化火，心火亢盛，上炎熏灼口舌，或心火下移于小腸，循經上攻于口，均可致口舌生瘡;或平素多有郁怒，肝郁氣滯，肝氣不疏，郁而化火，暗耗陰血，致沖任經脈不調，經行之時，經氣郁遏更甚，肝火旺盛，上灼口舌而致口瘡。四是素體陰虧，患者素體陰液不足，或久病陰損，虛火內生，灼傷口舌，乃至口舌生瘡。五是勞倦內傷，或久病傷脾，脾氣虛損，水濕不運，上漬口舌，而致口瘡;或郁久化熱，濕熱上蒸，亦可致口瘡。更有甚者，脾氣虛極，傷及脾陽，脾陽不足，寒濕生熱，上漬于口，可發口瘡。六是先天察賦不足，或久用寒涼，傷及脾腎，脾腎陽虛，陰寒內盛，寒濕上漬口舌，寒凝血淤，久致口舌生瘡�？傊�外感六淫燥火，內傷臟腑熱盛是致病主因，主病之臟在于心和脾(胃)。