機體通過一系列的復雜的因素，調節補體系統的激活過程，使之反應適度。例如經C3b的正反饋途徑即可擴大補體的生物學效應。但補體系統若過度激活，不僅無益地消耗大量補體成分，使機體抗感染能力下降;而且在激活過程中產生的大量行物活性物質，會使機體發生劇烈的炎癥反應或造成組織損傷，引起病理過程。這種過度激活及其所造成的不良后果，可通過調控機制而避免。這種調控機制包括補體系統中某些成分的裂解產物易于自行衰變以及多種滅活因子和抑制物的調節作用。

　　(一)自行衰變調節

　　某些補體成分的裂解產物極不穩定，易于自行衰變，成為補體激活過程中的一種自控機制。例如C42復合物中的C2b自行衰變即可使C42不再能持續激活C3，從而限制了后續補體成分的連鎖反應。C5b亦易于自行衰變，影響到C6～C9與細胞膜的結合。

　　(二)體液中滅物質的調節

　　血清中含有多種補體成分的抑制或滅活特定的補體成分。

　　CI抑制物：CI抑制物(Ci inhibitor,CIINH)可與CI不可逆地結合，使后者失去酯酶活性，不再裂解C4和C2，即不再形成C42(C3轉化酶)，從而阻斷或削弱后續補體成分的反應。遺傳性CIINH缺陷的患者，可發生多以面部為中心的皮下血管性水腫，并常以消化道或呼吸道粘膜的局限性血管性水腫為特征。其發生機制是CI未被抑制，與C4、C2作用后產生的C2a(舊稱C2b的小片段)為補體激肽，或增強血管通透性，因而發生血管性腫。

　　CIINH缺陷時，C4、C2接連不斷地被活化，故體內C4、C2水平下降;因其不能在固相上形成有效的C42(C3轉化酶)，所以C3及其后續成分不被活化。因此本病不像C3～C8缺陷那樣容易發生感染。

　　大部分CIINH缺陷病人與遺傳有關，另有約15%的病人無遺傳史，其CIINH雖有抗原性但無活性(部分可產生正常CIINH，并非完全缺陷)。前者稱為I型血管性水腫，后者稱為Ⅱ型血管性水腫(Alsenz等，1987)。

　　血管性水腫可用提純的CIINH治療，據稱有效，亦可給以男性激素制劑以促進肝合成CIINH，預防水腫的發生。

　　C4結合蛋白：C4結合蛋白(C4 binding protein, C4bp)能競爭性地抑制C4b與C2b結合，因此能抑制C42(C3轉化酶)的形成。

　　I因子：I因子又稱C3b滅活因子(C3b inactivator, C3b INA)能裂解C3b，使其成為無活性的C3bi，因而使C42及C3bBb失去與C3b結合形成C5轉化酶的機會。

　　當遺傳性I因子缺陷時，C3b不被滅活而在血中持續存在，可對旁路途徑呈正反饋作用，陸續使C3裂解并產生出更多的C3b。因此血中C3及B因子的含量因消耗而降低。當發生細菌性感染時，因補體系統主要成分C3和B因子嚴重缺乏，削弱了抗感染作用，可因條件致病菌惹發嚴重的甚至致命性后果。

　　H因子：H因子雖能滅活C3b,但不能使C3bBb中的C3b滅活。H因子(factor H)不僅能促進I因子滅活C3b的速度，更能競爭性地抑制B因子與C3b的結合，還能使C3b從C3bBb中致換出來，從而加速C3bBb的滅活。由此可見，I因子和H因子在旁路途徑中，確實起到重要的調節作用。

　　S蛋白：S蛋白(Sprotein)能干擾C5b67與細胞膜的結合。C5b67雖能與C8、C9結合，但它若不結合到細胞膜(包括靶細胞的鄰近的其他細胞)上，就不會使細胞裂解。

　　C8結合蛋白：C8結合蛋白(C8binding protein,C8bp)又稱為同源性限制因子(homologousrestriction factor,HRF)。C56與C7結合形成C567即可插入細胞膜的磷脂雙層結構之中，但兩者結合之前，可在體液中自由流動。因此，C567結合的細胞膜不限于引起補體激活的異物細胞表面，也有機會結合在自身的細胞上，再與后續成分形成C5～9大分子復合物，會使細胞膜穿孔受損。這樣會使補體激活部位鄰近的自身細胞也被殃及。

　　C8bp可阻止C5678中的C8與C9的結合，從而避危及自身細胞膜的損傷作用。C8分子與C8bp之間的結合有種屬特異性，即C5678中的C8與同種C8bp反應;但與異性種動物的C8不反應，所以又稱為HRF。據稱C8bp也能抑制NK細胞和Tc細胞的殺傷作用，值得注意。