關于命門的位置，歷來有不少爭論，歸納起來有以下幾種。

　　1.左腎右命門說：腎有二枚，左腎為腎，右腎為命門之說，始自《難經》。“腎兩者，非皆腎也，其左者為腎，右者為命門”(《難經·三十六難》)。自此以后，晉·王叔和《脈經》，宋·陳無擇《三因方》、嚴用和《濟生方》，明·李梃《醫學人門》等均遵此說。

　　2.兩腎總號命門說：明·虞摶否定左為腎右為命門之說，明確指出“兩腎總號為命門”，謂：“夫兩腎固為真元之根本，性命之所關，雖為水臟，而實為相火寓乎其中，愚意當以兩腎總號命門”(《醫學正傳》)。明·張景岳認為：“腎兩者，坎外之偶也;命門一者，坎中之奇也。以一統兩，兩而包一。是命門總乎兩腎，而兩腎皆屬于命門。故命門者，為水火之府，為陰陽之宅，為精氣之海，為死生之竇”(《類經附翼·求正錄》)。這一學說認為兩腎俱為命門，并非在腎之外另有一個命門。

　　3.兩腎之間為命門說：以命門獨立于兩腎之外，位于兩腎之間，實以明·趙獻可為首倡。他根據《素問·刺禁論》“七節之旁，中有小心”，認為“此處兩腎所寄，左邊一腎屬陰水，右邊一腎屬陽水，各開一寸五分，中間是命門所居之官，其右旁即相火也，其左旁即天一之真水也”(《醫貫》)。這種論點一直影響到清代，如陳修園《醫學三字經》、林佩琴《類證治裁》、張路玉《本經逢原》、黃宮繡《本草求真》等均宗此說。

　　4.命門為腎間動氣說：此說雖然認為兩腎中間為命門，但其間非水非火，而只是存在一種原氣發動之機，同時又認為命門并不是具有形質的臟器。倡此說者首推明·孫一奎，他認為：“命門乃兩腎中間之動氣，非水非火，乃造化之樞紐，陰陽之根蒂，即先天之太極，五行以此而生，臟腑以繼而生。若謂屬水、屬火、屬臟、屬腑，乃是有形之物，則外當有經絡動脈而形于診，《靈》《素》亦必著之于經也”(《醫旨緒余》)。