(1)說明人體的病理變化
中醫學認為疾病的發生，是人體的陰陽關系由于某種因素之影響而失去相對的平衡協調，從而出現偏盛偏衰的結果。疾病的發生、發展，關系到邪正兩方面，正氣與邪氣，以及它們相互作用、相互斗爭的關系，都可以用陰陽來予以概括說明醫|學教育網搜集整理。
病邪有陰邪、陽邪之分，正氣則包括陰精與陽氣兩部分。所以，病理上的陰陽失調，多表現為陰陽某一方面的偏盛偏衰，且一方面之異常，亦必影響及另一方面。例如陽邪致病，可導致陽偏盛而傷陰，因而出現熱證;陰邪致病，則可導致陰偏盛而傷陽，因而出現寒證;陽氣虛損不能制陰，則可出現陽虛陰盛的虛寒證;陰液虧耗不能制陽，則可出現陰虛陽亢的虛熱證。所以，《素問》說：陰勝則陽病，陽勝則陰病。陽勝則熱，陰勝則寒。又說：陽虛則外寒，陰虛則內熱，陽盛則外熱，陰盛則內寒。因此，盡管疾病的變化復雜，但就其陰陽屬性來說，亦不外陽盛、陰盛、陽虛、陰虛等四大類病變而已。
另外，機體陰陽任何一方虛損到一定程度，亦常導致對方之不足，即所謂陽損及陰和陰損及陽，最后則可導致陰陽兩虛，氣血雙虧，此即慢性病常見之病理發展過程。
(2)說明人體的生理功能
中醫生理學認為，人體正常的生命活動，是陰陽兩方面對立統一協調平衡的結果。人體的生理功能，一方面表現為機體防御邪氣侵襲的整體衛外功能，另一方面則表現為臟腑組織的功能活動。
從機體的防御機制來說，陽在外，為保護人體內部組織器官的衛外機能;陰在內，則為陽的物質基礎，并為陽不斷地儲備和提供能量補充。
從臟腑功能活動來說，則五臟主藏精氣為陰，六腑能消化、傳導飲食水谷為陽。而每一臟腑之中又各有陰陽，凡是功能活動則屬陽，而產生這些功能活動的器質和營養物質則屬陰。如心有推動血液循環和主持精神意識思維活動的功能，此種功能屬陽，而心血、心臟器質則屬陰;肝有調節血量和精神情志的功能屬陽，而肝血、肝臟器質則屬陰;脾有運化水谷，輸布精微，以及統攝血液循行的功能屬陽，而脾的津液、脾臟器質則屬陰;肺有主氣司呼吸，協助心臟推動血行的功能屬陽，而肺之津液、肺臟器質則屬陰;腎有藏精生髓，主生殖發育，主持水液代謝等功能屬陽，而腎精、腎臟器質則屬陰。關于六腑，亦是如此，其功能屬陽，而每一腑的器質則屬陰。
對于人體整體生理上的陰陽關系，則主要強調其協調和平衡。如就人體機能狀態而言，則機能興奮屬陽，機能抑制屬陰;功能亢進屬陽，功能減退屬陰。而在生理活動中，興奮和抑制、亢進和衰退等是互相拮抗的，并保持著相對的平衡狀態。又如陽氣和陰精的轉化，陰精是化生陽氣的物質基礎，而陽氣的作用又是在不斷地產生著陰精，因而陽氣和陰精，相互轉化，相互為用，并保持著相對的平衡。故《素問》說：陰平陽秘，精神乃治。
(3) 說明人體的組織結構
陰陽學說在闡釋人體的組織結構時，認為人體是一個對立統一的有機整體，其組織結構可劃分為相互對立的陰陽兩部分，且又彼此相互聯系，密切合作。
首先，就人體的部位與結構來說，外為陽，內為陰;背為陽，腹為陰;頭部為陽，足部為陰;體表為陽，內臟為陰。而體表之中的皮膚為陽，肌肉筋骨為陰;臟腑中六腑為陽，五臟為陰。五臟之中，則心肝為陽，肺脾腎為陰。再具體到每個臟腑，則又有陰陽之分，如心有心陰、心陽;腎有腎陰、腎陽;胃有胃陰、胃陽等。若從經絡系統循行部位來說，則循行于人體四肢外側及背部者屬陽(如手足三陽經，僅足陽明例外)，循行于人體四肢內側及腹部者則多屬陰(如手足三陰經)。
但是應當指出，人體各部位、各組織結構、各臟器之陰陽屬性不是絕對的，而是相對的，它們常根據一定條件的改變而改變。如以胸背關系來說，則背屬陽，胸屬陰。若以胸腹上下關系來說，則胸又屬陽。腹則屬陰。同樣，五臟若以上下關系來分，則心肺在膈上屬陽，心為陽中之陽臟，肺為陽中之陰臟;肝脾腎在膈下屬陰，肝為陰中之陽臟，腎為陰中之陰臟，脾亦為陰中之陰臟。總之，人體部位、組織結構上的陰陽，只是其相對屬性的一般歸類而已。
(4)用于疾病的診斷
陰陽失調是病理變化的關鍵所在，故臨床病證可概括為陰證、陽證兩大類。所以，臨床上對于疾病的診察，亦可以根據陰陽變化的規律來加以分析和辨別。
中醫診斷學之望、聞、問、切四診方法，首先當辨別陰陽。例如望診，一般面色光滑潤澤為陽，面色沉濁晦暗為陰;凡見青、白、黑色，其證多屬陰寒，而見黃、赤兩色，則其證多屬陽熱。又如聞診，凡氣粗聲高屬陽，氣弱聲低屬陰。而在切診中則把浮、大、滑、數等脈象歸屬于陽脈，把沉、小、澀、遲等脈象歸屬于陰脈。
關于辨證，即是把通過四診所獲得的癥狀、體征及多種病情資料，進行客觀地分析和判斷，從而對病因、病位、病性及正邪關系得出正確的結論，以指導臨床治療。中醫診斷以陰陽作為辨證之總綱，用以辨別疾病的表里、寒熱、虛實。故凡表證、實證、熱證均屬于陽證;凡里證、虛證、寒證均屬于陰證。所以臨床病證雖然千變萬化，總不出陰陽兩綱范圍。
(5)指導臨床治療用藥
由于陰陽的偏盛偏衰是疾病發生、發展的根本原因，所以，調理陰陽，補偏救弊，創造條件，使失調的陰陽關系恢復相對平衡，這就是中醫治療學的基本原則。故《素問》說：謹察陰陽所在而調之，以平為期。
由于病證不一，本質不同，故其治療方法亦多種多樣。中醫臨床根據協調陰陽的精神，提出了寒者熱之、熱者寒之、虛則補之、實則瀉之以及陽病治陰，陰病治陽等眾多的治療方法。
如陽熱亢盛而損耗陰液病證(即陽勝則陰病)，則應損其有余之陽，用寒涼藥物治其陽熱亢盛，此即熱者寒之方法;若因陰寒邪盛而損傷陽氣病證(即陰勝則陽病)，則應損其有余之陰，用溫熱藥物以祛其陰寒過盛，此即寒者熱之方法;若陰液不足不能制陽而形成陰虛陽亢病證，則須用滋陰以斂陽方法解決;若由于陽氣不足，陽虛不能制陰而形成陽虛陰盛病證，則須用補陽以消陰的方法去解決。這就是陽病治陰，陰病治陽，壯水之主，以制陽光;益火之源，以消陰翳，使失調的陰陽恢復新的相對平衡的治療原則。
同樣，在歸納藥物的性味功能上，陰陽亦具有重要的意義，并可作為指導臨床用藥的依據。藥物的四氣、五味，以及升降浮沉等一般性能，都具有陰陽之不同屬性。以四氣來說，則寒、涼屬陰，溫、熱屬陽。以五味來說，則酸、苦、咸屬陰，辛、甘、淡屬陽。以升降浮沉來說，則具有重鎮斂降作用的藥物屬陰，具有輕浮升散作用的藥物屬陽。所以臨床用藥必須注意病證陰陽與藥物陰陽之關系，正確運用藥物的陰陽性能，以改善或調節病理上失調的陰陽關系，從而達到治愈疾病的目的。
