一般均具次生構造，與地上莖相似。外表常有木栓層，少數(shù)有表皮。如木栓形成層發(fā)生在皮層外方，則初生皮層仍然存在，如黃連等;有些根莖僅有栓內層細胞構成次生皮層。皮層中有根跡維管束或葉跡維管束斜向通過，內皮層多不明顯。中柱外方部位有的具厚壁組織，如纖維和石細胞群，常排成不連續(xù)的環(huán)。草本植物的根莖維管束大多為無限外韌型，少數(shù)為雙韌型，多呈環(huán)狀排列，束間被髓射線分隔。中央有髓部。雙子葉植物根莖除上述正常構造外，還可形成異常構造，常見的有下列二種類型：

　　①　髓部有異常維管束，其韌皮部和木質部的位置常與外部正常維管束倒置，即韌皮部在內側，木質部在外方，如大黃等。

　　②　具內生韌皮部(Internal Phloem)，就是位于木質部里端的韌皮部。有的與木質部里端密切接觸，構成正常的雙韌型維管束;有的在髓部的周圍形成各個分離的韌皮部束。 內生韌皮部存在的位置和形成均與內函韌皮部不同，如茄科、葫蘆科植物等。