人體是一個有機的整體，中醫學根據陰陽對立統一的觀點，把人體組織結構劃分為相互對立又相互依存的若干部分，由于結構層次的不同，臟腑組織的陰陽屬性也有區別。就大體部位而言，軀殼為陽，內臟為陰；上部為陽，下部為陰；體表為陽，體內為陰。就腹背而言，背部為陽，胸腹面為陰。就肢體的內外側而言，四肢的外側面為陽，內側面為陰。就筋骨與皮膚而言，筋骨在深層為陰，皮膚居表為陽。就內臟而言，六腑傳化物而不藏，故為陽；五臟化生和貯藏精氣而不瀉，故為陰。就五臟而言，心、肺位于身體的上部胸腔之中，故為陽；肝、脾、腎位于身體的膈下腹腔，故為陰。具體到每一臟腑，又有心陰、心陽；肝陰、肝陽；胃陰、胃陽；腎陰、腎陽等的不同。可見人體結構中的上下、內外、表里、前后各部分之間，以及體內的臟腑之間，都存在著對立、互根的陰陽關系，都可以用陰陽學說加以分析和認識。因此《素問》說：“人生有形，不離陰陽”。

　　（二）解釋人體的生理活動

　　人體的生理活動，可以廣泛地應用陰陽學說加以說明。就人體一天內的寤寐而言，在白晝人體內屬陽的興奮作用制約了屬陰的抑制作用而占主導地位，人就處于醒寤的興奮狀態；進入黑夜，體內屬陰的抑制作用制約了屬陽的興奮作用而占主導地位，人就進入休眠狀態。所以人的睡眠活動即是機體內部陰陽對立制約運動的結果。

　　體內物質的代謝過程，主要是以陰陽互根互用的消長平衡方式進行。人體生命活動所需的各種精微物質（屬陰）的補充，是在不斷消耗內臟能量（屬陽）的情況下完成的；但屬陰的精微物質產生以后，又在相關內臟器官中轉換為種種不同的能量，在能量產生的同時，精微物質隨之消耗。前者屬于陰長陽消的過程，后者是陽長陰消的過程。生命活動就是在這種陰陽彼此不斷的消長過程中維持著動態平衡。所以《素問》說：“陰平陽秘，精神乃治”。

　　在屬陰的物質中，氣和血又可再分陰陽。屬陽的氣又具有生血、行血、攝血的功能；而屬陰的血又具有載氣、寓（藏）氣、化生氣的作用。可見氣血之間又體現著陰陽關系的多個層面。此外，諸如營衛關系、氣與津液關系、臟腑關系、經絡關系等亦莫不如是。因此《素問》說：“生之本，本于陰陽”。

　　（三）解釋人體的病理變化

　　疾病是致病因素作用于人體而引起體內陰陽平衡失調、臟腑組織損傷，以及機能障礙的過程。陰陽學說不但可以對病理過程進行分析，還可以對引起病理過程的邪正雙方加以說明。病邪可以分為陰邪和陽邪兩大類。就六淫邪氣而言，則風、暑、熱邪為陽邪，寒與濕邪為陰邪。人體的正氣，亦有陰精與陽氣之別。在邪正斗爭中，陽邪傷人，常易傷陰；陰邪侵襲，常先傷陽。在邪正斗爭的勝負過程中，機體陰陽失調病機，則有偏盛、偏衰、互損、轉化、格拒、亡失等種種病理變化。

　　（四）指導疾病的診斷
　　陰陽失調是疾病發生、發展、變化的根本原因，由此產生的各種錯綜復雜的臨床表現亦都可以用陰陽加以說明。故在診察疾病時，用陰陽兩分法來歸納其四診材料，則有助于對病變的總體屬性作出判斷，從而把握疾病的本質。故說：“善診者，察色按脈，先別陰陽。”如：
　　辨別色澤的陰陽：色澤鮮明者屬陽，色澤晦暗者屬陰。
　　辨別聲息的陰陽：聲音高亢洪亮、多言而躁動者，多屬于實證、熱證、陽證；聲音低弱無力、少言而沉靜者，多屬于虛證、寒證、陰證。呼吸微弱者屬陰；呼吸有力，聲高氣粗者屬陽。
　　辨別脈象的陰陽：以脈位辨陰陽，寸脈為陽，尺脈為陰；據脈率辨陰陽，則數者為陽，遲者屬陰；據脈力辨陰陽，則實脈為陽，虛脈為陰；以脈形辨陰陽，則浮、大、洪、滑屬陽，沉、小、細、澀為陰。所以說：“微妙在脈，不可不察，察之有紀，從陰陽始。”
　　判定證候的陰陽：即是從疾病的部位、性質等辨別其陰陽屬性，大凡表證、熱證、實證屬于陽證；而里證、寒證、虛證屬于陰證。因此，只有在總體上把握了疾病的陰陽屬性。進行更深層次的辨證分析，才能抓住疾病的本質。所以說：“凡診病施治，必須先審陰陽，乃為醫道之綱領。陰陽無謬，治焉有差？醫道雖繁，而可以一言蔽之者，曰陰陽而已”。

　　（五）指導疾病的防治
　　調理陰陽，使之保持或恢復相對平衡，達到“陰平陽秘”狀態，是防病治病的基本原則，也是陰陽理論用于疾病防治的體現。