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　　生物性污染：主要是由有害微生物及其毒素、寄生蟲及其蟲卵和昆蟲等引起的。肉、魚、蛋和奶等動物性食品易被致病菌及其毒素污染，導致食用者發生細菌性食物中毒和人畜共患的傳染病。致病菌主要來自病人、帶菌者和病畜、病禽等。致病菌及其毒素可通過空氣、土壤、水、食具、患者的手或排泄物污染食品。被致病菌及其毒素污染的食品，特別是動物性食品，如食用前未經必要的加熱處理，會引起沙門氏菌或金黃色葡萄球菌毒素等細菌性食物中毒。食用被污染的食品還可引起炭疽、結核和布氏桿菌病(波狀熱)等傳染病。

　　霉菌廣泛分布于自然界。受霉菌污染的農作物、空氣、土壤和容器等都可使食品受到污染。部分霉菌菌株在適宜條件下，能產生有毒代謝產物，即霉菌毒素(見霉菌污染對健康的影響)。如黃曲霉毒素和單端孢霉菌毒素，對人畜都有很強的毒性。一次大量攝入被霉菌及其毒素污染的食品，會造成食物中毒;長期攝入小量受污染食品也會引起慢性病或癌癥。有些霉菌毒素還能從動物或人體轉入乳汁中，損害飲奶者的健康。

　　微生物含有可分解各種有機物的酶類。這些微生物污染食品后，在適宜條件下大量生長繁殖，食品中的蛋白質、脂肪和糖類，可在各種酶的作用下分解，使食品感官性狀惡化，營養價值降低，甚至腐敗變質。

　　污染食品的寄生蟲主要有絳蟲、旋毛蟲、中華枝睪吸蟲和蛔蟲等。污染源主要是病人、病畜和水生物。污染物一般是通過病人或病畜的糞便污染水源或土壤，然后再使家畜、魚類和蔬菜受到感染或污染。

　　糧食和各種食品的貯存條件不良，容易孳生各種倉儲害蟲。例如糧食中的甲蟲類、蛾類和螨類;魚、肉、醬或咸菜中的蠅蛆以及咸魚中的干酷蠅幼蟲等。棗、栗、餅干、點心等含糖較多的食品特別容易受到侵害。昆蟲污染可使大量食品遭到破壞，但尚未發現受昆蟲污染的食品對人體健康造成顯著的危害。

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