生物凈化包括生物吸收、分解、降解和轉化等，如植物可吸收土壤中的酚、氰并在體內轉化為酚糖苷、氰糖苷;鳳眼蓮可吸收水體中的汞、鎘、砷等污染物，其根系微生物可降解轉化污水中的有機物;球衣菌可分解酚、氰為二氧化碳和水;一般需氧微生物能把污水中的有機物分解成二氧化碳、水、氨氮、磷等，而厭氧微生物則可把有機物分解為甲烷、硫化氫、硫醇、氨、二氧化碳等。通過生物吸收、分解和轉化使污染物(有機物)無機化的過程是生物凈化的主要途徑。此外尚有使有機物腐殖化(經土壤微生物的分解、合成成為腐殖質，此時病原微生物及寄生蟲卵均已死灰)等。

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