人體攝入被傷寒桿菌污染的水或食物后，是否發病決定于傷寒桿菌的數量、致病性以及宿主的防御能力。當胃酸的pH小于2時傷寒桿菌很快被殺滅。傷寒桿菌攝入量達105以上才能引起發病，超過107或更多時將引起典型傷寒的疾病經過。胃酸分泌減少、胃大部分切除術后、口服堿性藥物、使用H2受體拈抗劑及H+泵抑制劑、胃動力異常、腸道正常菌群失調和原先有幽門螺旋桿菌感染等非特異性防御機制異常有利于傷寒桿菌的定位和繁殖，引起發病的傷寒桿菌攝入量也相應降低。盡管對傷寒桿菌的特異性宿主防御機制仍沒有完全闡明，但是，臨床觀察提示被激活巨噬細胞對傷寒桿菌的細胞內殺傷起重要作用，巨噬細胞吞噬傷寒桿菌、紅細胞、淋巴細胞及細胞碎片，稱為“傷寒細胞”。傷寒細胞聚集成團，形成小結節，稱為傷寒小結或傷寒肉芽腫，具有病理診斷意義。

　　攝入傷寒桿菌之后，如果有部分傷寒桿菌沒有被胃酸殺滅，它們將到達回腸下段，穿過黏膜上皮屏障，侵入回腸集合淋巴結的單核吞噬細胞內繁殖形成初發病灶;然后，進一步侵犯腸系膜淋巴結經胸導管進入血循環，形成第一次菌血癥，此時，臨床上處于潛伏期。接著，被單核巨噬細胞系統吞噬、繁殖后再次進入血循環，形成第二次菌血癥。傷寒桿菌向肝、脾、膽、骨髓、腎和皮膚等器官組織播散，腸壁淋巴結出現髓樣腫脹、增生、壞死，臨床上處于初期和極期。在膽道系統內大量繁殖的傷寒桿菌隨膽汁排到腸道，一部分于糞便排出體外，一部分經腸道黏膜再次侵入腸壁淋巴結，使原先致敏的淋巴組織發生更嚴重的炎癥反應，可引起潰瘍形成，臨床上處于緩解期。在極期和緩解期，當壞死或潰瘍的病變累及血管時，可引起腸出血;當潰瘍侵犯小腸的肌層和漿膜層時，可引起腸穿孔。隨著機體免疫能力的增強，傷寒桿菌在血液和各個臟器中被清除，腸壁潰瘍愈合，臨床上處于恢復期。

　　傷寒桿菌釋放脂多糖內毒素可激活單核吞噬細胞釋放白細胞介素-1和腫瘤壞死因子等細胞因子，引起持續發熱、表情淡漠、相對緩脈、便秘、休克和白細胞減少等表現。

　　少數患者因免疫力不足，傷寒桿菌在病灶中未被完全消滅，可再次繁殖侵入血循環引起復發。