腦、髓、骨、脈、膽、女子胞，總稱為奇恒之府。奇恒，異于平常之謂。腦、髓、骨脈、膽、女子胞，都是貯藏陰精的器官，似臟非臟，似腑非腑，故稱。“腦、髓、骨、脈、膽、女子胞，此六者，地氣之所生也，皆藏于陰而象于地，故藏而不瀉，名曰奇恒之府”(《素問·五臟別論》)。馬蔚進一步指出“腦、髓、骨、脈、膽與女子胞，六者主藏而不瀉，此所以象地也。其臟為奇，無所與偶，而至有恒不變，名曰奇恒之臟”(《黃帝內經素問注證發微》)。奇恒之府的形態似腑，多為中空的管腔性器官，而功能似臟，主藏陰精。其中除膽為六腑之外，其余的都沒有表里配合，也沒有五行的配屬，但與奇經八脈有關。
腦、髓、骨、脈、膽、女子胞六者之中，膽既屬于六腑，又屬于奇恒之府，已在六腑中述及。骨和脈將在五體中介紹。本節只敘述腦、髓、女子胞三者。
一、腦
腦，又名髓海、頭髓。在氣功學上，腦又稱泥丸、昆侖、天谷。腦深藏于頭部，位于人體最上部，其外為頭面，內為腦髓，是精髓和神明高度匯集之處，為元神之府。
(一)腦的解剖形態
腦，位居顱腔之中，上至顱囟，下至風府(督脈的一個穴位，位于頸椎第1椎體上部)，位于人體最上部。風府以下，脊椎骨內之髓稱為脊髓。脊髓經項復骨(即第6頸椎以上的椎骨)下之髓孔上通于腦，合稱腦髓。腦與顱骨合之謂之頭，即頭為頭顱與頭髓之概稱。
腦由精髓匯集而成，不但與脊髓相通，“腦者髓之海，諸髓皆屬于腦，故上至腦，下至尾骶，髓則腎主之”(《醫學入門·天地人物氣候相應圖》)，而且和全身的精微有關。故曰：“諸髓者，皆屬于腦”(《素問·五臟生成》)。
頭為諸陽之會，為清竅所在之處，人體清陽之氣皆上出清竅。“頭為一身之元首……其所主之臟，則以頭之外殼包藏腦髓”(《寓意草·卷一》)。外為頭骨，內為腦髓，合之為頭。頭居人身之高巔，人神之所居，十二經脈三百六十五絡之氣血皆匯集于頭。故稱頭為諸陽之會。
(二)腦的生理功能
1.主宰生命活動：“腦為元神之府”(《本草綱目》)，是生命的樞機，主宰人體的生命活動。在中國傳統文化中，元氣、元精、元神，稱之為“先天之元”。狹義之神，又有元神、識神和欲神之分。元神來自先天，稱先天之神，“先天神，元神也”(《武術匯宗》)，“元神，乃本來靈神，非思慮之神”(《壽世傳真》)：人在出生之前，形體畢具，形具而神生。人始生先成精，精成而腦髓生。人出生之前隨形具而生之神，即為元神。元神藏于腦中，為生命的主宰。“元神，即吾真心中之主宰也”(《樂育堂語錄》)。元神存則有生命，元神敗則人即死。得神則生，失神則死。因為腦為元神之府，元神為生命的樞機，故“腦不可傷，若針刺時，刺頭，中腦戶，人腦立死”(《素問·刺禁論》)，“針人腦則真氣泄，故立死”(《類經·針刺類》)。
2.主精神意識：人的精神活動，包括思維意識和情志活動等，都是客觀外界事物反映于腦的結果。思維意識是精神活動的高級形式，是“任物”的結果。中醫學一方面強調“所以任物者謂之心”(《靈樞·本神》)，心是思維的主要器官;另一方面也認識到“靈性記憶不在心而在腦”(《醫林改錯》)。“腦為元神府，精髓之海，實記憶所憑也”(《類證治裁·卷之三》)，這種思維意識活動是在元神功能基礎上，后天獲得的思慮識見活動，屬識神范疇。識神，又稱思慮之神，是后天之神：故曰：“腦中為元神，心中為識神。元神者，藏于腦，無思無慮，自然虛靈也。識神者，發于心，有思有慮，靈而不虛也”(《醫學衷中參西錄·人身神明詮》)，情志活動是人對外界刺激的一種反應形式，也是一種精神活動，與人的情感、情緒、欲望等心身需求有關。屬欲神范疇。
總之，腦具有精神、意識、思維功能，為精神、意識、思維活動的樞紐，“為一身之宗，百神之會”(《修真十書》)。腦主精神意識的功能正常，則精神飽滿，意識清楚，思維靈敏，記憶力強，語言清晰，情志正常。否則，便出現神明功能異常。
3.主感覺運動：眼耳口鼻舌為五臟外竅，皆位于頭面，與腦相通。人的視、聽、言、動等，皆與腦有密切關系。“五官居于身上，為知覺之具，耳目口鼻聚于首，最顯最高，便于接物。耳目口鼻之所導人，最近于腦，必以腦先受其象而覺之，而寄之，而存之也”(《醫學原始》)。“兩耳通腦，所聽之聲歸腦;兩目系如線長于腦，所見之物歸腦;鼻通于腦，所聞香臭歸于腦;小兒周歲腦漸生，舌能言一二字”(《醫林改錯》)。
腦為元神之府，散動覺之氣于筋而達百節，為周身連接之要領，而令之運動。腦統領肢體，與肢體運動緊密相關。“腦散動覺之氣，厥用在筋，第腦距身遠，不及引筋以達四肢，復得頸節膂髓，連腦為一，因遍及焉”(《內鏡》)。腦髓充盈，身體輕勁有力。否則，脛酸乏其功能失常，不論虛實，都會表現為聽覺失聰，視物不明，嗅覺不靈，感覺異常，運動失。
總之，腦實則神全。“腦者人身之大主，又曰元神之府”，“腦氣筋人五官臟腑，以司視聽言動”，“人身能知覺運動，及能記憶古今，應對萬物者，無非腦之權也”(《醫易一理》)。
(三)腦與五臟的關系
臟象學說將腦的生理病理統歸于心而分屬于五臟，認為心是君主之官，五臟六腑之大主，神明之所出，精神之所舍，把人的精神意識和思維活動統歸于心，稱之曰“心藏神”。但是又把神分為神、魂、魄、意、志五種不同的表現，分別歸屬于心、肝、肺、脾、腎五臟，所謂“五神臟”。神雖分屬于五臟，但與心、肝、腎的關系更為密切，尤以腎為最。因為心主神志，雖然五臟皆藏神，但都是在心的統領下而發揮作用的。肝主疏泄，又主謀慮，調節精神情志：腎藏精，精生髓，髓聚于腦，故腦的生理與腎的關系尤為密切。腎精充盈，髓海得養，腦的發育健全，則精力充沛，耳聰目明，思維敏捷，動作靈巧。若腎精虧少，髓海失養，腦髓不足，可見頭暈、健忘、耳鳴。甚則記憶減退、思維遲鈍等癥。
腦的功能隸屬于五臟，五臟功能旺盛，精髓充盈，清陽升發，竅系通暢，才能發揮其生理功能。
心腦相通：“心腦息息相通，其神明自湛然長醒”(《醫學衷中參西錄，癇痙癲狂門》)。心有血肉之心與神明之心，血肉之心即心臟。“神明之心……主宰萬事萬物，虛靈不昧”(《醫學入門·臟腑》)，實質為腦。心主神明，腦為元神之腑;心主血，上供于腦，血足則腦髓充盈：故心與腦相通。臨床上腦病可從心論治，或心腦同治。
腦肺相系：肺主一身之氣，朝百脈，助心行血。肺之功能正常，則氣充血足，髓海有余，故腦與肺有著密切關系。所以，在臨床上腦病可以從肺論治。
腦脾相關：脾為后天之本，氣血生化之源，主升清。脾胃健旺，熏蒸腐熟五谷，化源充足，五臟安和，·九竅通利，則清陽出上竅而上達于腦。脾胃虛衰則九竅不通，清陽之氣不能上行達腦而腦失所養。所以，從脾胃人手益氣升陽是治療腦病的主要方法之一。李東垣倡“脾胃虛則九竅不通論”，開升發脾胃清陽之氣以治腦病的先河。
肝腦相維：肝主疏泄，調暢氣機，又主藏血，氣機調暢，氣血和調，則腦清神聰。若疏泄失常，或情志失調，或清竅閉塞，或血溢于腦，即“血之與氣并走于上而為大厥”;若肝失藏血，腦失所主，或神物為兩，或變生他疾。
腦腎相濟：腦為髓海，精生髓，腎藏精，“在下為腎，在上為腦，虛則皆虛”(《醫碥·卷四》)，故腎精充盛則腦髓充盈，腎精虧虛則髓海不足而變生諸癥。“腦為髓海……髓本精生，下通督脈，命火溫養，則髓益之”，“精不足者，補之以味，皆上行至腦，以為生化之源”(《醫述》引《醫參》)。所以，補腎填精益髓為治療腦病的重要方法。
總之，臟象學說認為，五臟是一系統整體，人的神志活動雖分屬于五臟，但以心為主導：腦雖為元神之府，但腦隸屬于五臟，腦的生理病理與五臟休戚相關。故腦之為病亦從臟腑論治，其關乎于腎又不獨責于腎：對于精神意識思維活動異常的精神情志疾病，決不能簡單地歸結為心藏神的病變，而與其他四臟無關。對于腦的病變，也不能簡單地僅僅責之于腎，而與其他四臟無關。
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