1.目標和對象不同

對政府的財政收支或者國有金融機構和企事業組織財務收支進行審計，確定其是否真實、合法和具有效益

注冊會計師依法對企業財務報表進行審計、確定其是否符合會計準則和相關會計制度，是否公允反映了財務狀況、經營成果和現金流量

2.標準不同

依據是《中華人民共和國審計法》和審計署制定的國家審計準則

依據是《中華人民共和國注冊會計師法》和財政部批準發布的注冊會計師審計準則

3.經費和收入來源不同

政府審計是政府行為，政府機關履行職責所必須的經費，列入同級財政預算，由同級人民政府予以保證

注冊會計師審計是市場行為，是有償服務，費用由注冊會計師和審計客戶協商確定，但是注冊會計師在發表審計意見時，獨立性不能受到干擾

4.取證權限不同

政府審計具有更大的強制力。各有關單位和個人應當支持、協助審計機關的工作，如實向審計機關反映情況，提供有關證明材料

注冊會計師審計受市場行為的局限，在獲取審計證據時，很多程度上有賴于企業及相關單位配合和協助，對企業及相關單位沒有行政強制力

5.對發現問題的處理方式不同

審計機關對違反國家規定的財政收支、財政收支行為可在職權范圍內做出審計決定或者向有關主管機關提出處理、處罰意見

注冊會計師對審計過程中發現的問題只能提請企業調整有關數據或進行披露，沒有行政強制力；如果企業拒絕調整和披露。注冊會計師需要根據具體情況予以反映，具體表現為出具保留意見或否定意見的審計報告