【參考解析】：　　(1)B公司主張其債權的訴訟時效是符合法律規定的。根據規定，當事人向人民法院請求保護其民事權利的訴訟時效期間為2年，從知道或者應當知道權利被侵害之日起計算。B公司與A公司的債權債務糾紛至B公司起訴時尚未超過2年，A公司與C公司的債權債務糾紛雖然已超過2年，但A公司通過向C公司提出請求履行義務的要求而使該訴訟時效中斷，致使已經經過的時效期間統歸無效，訴訟時效期間重新計算，A公司最后一次向C公司主張其權利的時間為2007年l2月，至2009年3月5日尚未超過2年。因此，B公司主張其債權的訴訟時效是符合法律規定的。

　　(2)首先，人民法院判令由C公司向B公司履行清償義務，A公司與B公司、A公司與C公司相應的債權債務關系予以消滅的判決是符合法律規定的。根據規定，債權人向次債務人提起的代位權訴訟，經人民法院審理后認定代位權成立的，由次債務人向債權人履行清償義務，債權人與債務人、債務人與次債務人之間相應的債權債務關系即予消滅。

　　其次，人民法院判令訴訟費用由A公司承擔的判決是不符合法律規定的。根據規定，在代位權訴訟中，債權人勝訴的，訴訟費由次債務人負擔，從實現的債權中優先支付。本案人民法院判令訴訟費用由A公司(即債務人)承擔的判決，是沒有法律依據的。

　　(3)D公司的要求是沒有法律依據的。根據最高人民法院的《合同法解釋》規定，債權人行使代位權，其債權就代位權行使的結果有優先受償的權利。本案B公司因向C公司行使代位權，其債權就代位權行使的結果享有優先受償的權利。盡管D公司與A公司的債權債務先于B公司，但D公司無權提出與B公司平均分享代位權行使的結果。因此，D公司的要求是沒有法律依據的