當疑為生殖道感染性疾病時，首先排除是否有不潔性交史，然后根據癥狀確定檢查方向。對于男性患者來講，先檢查尿道是否有膿性分泌物，再依次是前列腺液、精液。采集標本時應清洗尿道口，再用無菌拭子擦取尿道口膿性分泌物或深入尿道內2～4厘米取分泌物，檢查精液患者應禁欲5天以上，采用體外排精法射精于滅菌容器送檢。對于女性患者，先用窺器擴張陰道，然后用滅菌棉拭子取陰道后穹隆處或宮頸分泌物作培養或涂片鏡檢。注意事項：

　　①生殖器是開放性器官，標本采集過程中應遵循無菌操作以減少雜菌污染。

　　②陰道內有大量正常菌群存在，采取宮頸標本應避免觸及陰道壁。

　　③疑產婦有宮腔感染，待胎兒娩出后取宮腔分泌物，并同時取嬰兒耳拭子一同送檢。

　　④沙眼衣原體在宿主細胞內繁殖，采集時盡可能多的取上皮細胞。