一、以“大病統籌”為主的模式難以從根本上解決農民醫療問題。新型農村合作醫療以“自愿參保”為原則。雖然人均10元的繳費標準不會給農民帶來太大的經濟負擔，但是健康的青壯年人群患大病風險較小，參與積極性較低，風險較大的高危人群則傾向于參加，這樣逆向選擇極容易導致農村合作醫療基金入不敷出。在政府投入能力有限的情況下，提高繳費標準將是維持新農合基金運轉的唯一選擇，但是費率的提高必定使農民的參合率下降，導致新農合基金最終崩潰。同時，“只報銷大病”容易誘發農民將“小病當成大病醫”的道德風險，造成醫療支出的急速上升。此外，和大病相比，對農民健康威脅更為普遍的是常見病和多發病，1998年全國衛生服務總調查表明，農村約有37.7%的病人發病后并未及時就醫,很多農民的大病都是由于耽誤對小病的治療而形成的。只負責大病統籌而疏于對小病的防治和保健工作，必定不能從根本上改善農民的醫療保障狀況。

　　二、相同的人均繳費標準對于不同收入水平的農民有失公平。在新農合開展初期，制定統一的繳費標準是操作起來最簡便的方法，但是在我國廣大的農村地區，農民之間收入差距較大。收入較高的農戶往往愿意參合，因為在大多數地區，只需繳納10元就可獲得部分“大病”醫療保障，回報率較高。而對于很多人均純收入不足百元的貧困農民群體，10元參合費仍是一筆不小的開支，而且繳納后不能馬上見到實效，因而參與積極性較低。結果就是——富裕的農民獲得了農村合作醫療的好處，而貧困的農民仍然沒有得到任何保障，這顯然違背了建立新型農村合作醫療防止農民“因病致貧、因病返貧”的初衷。

　　三、農民自愿參合的積極性不高。農民自愿參與是新型農村合作醫療順利推行的基礎和根本保證。雖然統計數據顯示試點地區農民的參合率大都達到70%以上，但是這些試點一般都是經濟發展相對較好地區，農民的支付能力較強，而且當地政府為了產生示范帶動效應，加強了宣傳投入力度，有些地方為了高參合率甚至出現在強制參合的現象。然而現實情況是在經濟欠發達地區，農民對參加新農合的積極性普遍較差。以欠發達的江西贛州為例，調查結果顯示50%的參合農戶是在干部到家中說服后才交的，20%的農戶只是盲目地“別人交，我也交”。在已參合的農戶中，70%的人不了解參合知識，絕大多數農戶對農村合作醫療的目的和意義一知半解，普遍對繳納的10元參加的新農合抱有較高期望值，希望能馬上得到回報，然而現實狀況(大病統籌)又使農戶積極性受挫，參合率自然不高。

　　四、農村合作醫療籌資效率低下，成本過高。由于農民對新農合了解甚少，自愿參保積極性很低，為了保證較高的參合率，很多工作人員不得不挨家挨戶進行宣傳、說服工作，大部分的參合額都是工作人員一個一個談出來的。再加上農村地區農民居住非常分散，交通不便，更增加了籌資成本。另外，工作人員辦事效率低下也是導致高籌資成本的重要原因。贛州市的調查顯示，只有30%的工作人員主動學習合作醫療知識，大部分工作人員都是按部就班地進行宣傳講解工作，辦事效率自然就低。據了解，60%的農民對工作人員的工作作風不滿意，進一步挫敗了農民的參合積極性。

　　五、農村合作醫療基金管理水平有待提高。現行的新農合基金管理模式主要有獨立管理模式、銀行(信用社)管理模式和保險公司參與模式三種。大部分試點地區采取的是“小而全”的獨立管理模式，即各地區建立一套完整獨立的、自上而下的管理系統，并配合一整套軟、硬件措施。這樣做雖然相對簡單，但是它造成了條塊分割、自成體系、相互不能兼容的局面，成為各級地方財政的沉重包袱。尤其是在經濟欠發達的中西部地區，這種浪費的負面影響是相當大的。部分地區采用了在銀行(信用社)設置基金帳戶，做到專戶儲存、專帳管理、專款專用。雖然這樣充分利用了銀行龐大的業務網絡，在收入和支出兩個環節降低了管理成本，但是銀行(信用社)的介入只是部分的，介入層次也很低，并不能真正提高新農合基金的管理和使用效率。少部分地區在新農合基金的管理中引入了保險公司。雖然保險業參與有利于控制新農合的運行風險，有利于節約政府成本，但是保險公司面臨的最大問題就是對醫療機構的管控力度偏弱，對醫療費用上漲的控制還不夠，而且引入保險公司又增加了保險公司與政府有關部門、醫療機構和參合農戶的協調難度。

　　六、農村醫療救助制度和農村合作醫療制度未有機地結合。醫療救助制度是由政府統籌協調，民政部門組織實施，衛生、財政部門配合，對患大病農村五保戶和貧困農民家庭的醫療費用按一定標準給予適當補助，以緩解其因病致病的一種制度。雖然醫療救助和新農合都是為了共同解決農民看病就醫問題，但二者各有一套獨立的籌資渠道、主管部門和工作對象。醫療救助資金主要來源于中央和地方預算、福利彩票的銷售和社會捐助等，新農合資金則是由中央、地方和農戶個人各負擔1/3。醫療救助制度的運行依靠各地民政部門建立的管理機構，而新農合工作的開展則依賴于政府指導建立的單獨的組織協調機構和經辦、監管機構。總之，醫療救助和新農合在農村地區是完全割裂運行的，二者在機構設立、人員配備上存在大量的重疊，導致財政支出的巨大浪費。

　　七、農村基層醫療機構服務水平低。在全國大部分省市基本上都實現了鄉鎮有衛生院，村村有衛生室，但是由于醫療設備條件差，醫務人員素質低，并不能滿足參合農民的醫療需求。以安徽省16個“新農合”試點縣為例，盡管在鄉鎮衛生院就醫可比鄉外就醫多報銷20%的醫療費用，但由于鄉鎮衛生院服務水平太低，60%的農戶不得不選擇在費用更高的縣及縣以上的大醫院就醫。更為嚴重的是，很多農村基層醫療機構限入了“缺人才——發展緩慢——經營困難——更缺人才”的惡性循環。據四川省衛生廳統計，四川全省鄉鎮衛生院中無專業學歷的醫務人員占40%，本科、專科學歷的人員僅占9.8%，鄉村醫生中大專學歷為1%，無專業學歷的為72.5%，農村醫療人才匱乏已成為阻礙“新農合”長期安全運行的重要隱患。

　　八、農村醫療機構服務監管不完善。目前，新農合醫療費用報銷基本上限于公立衛生系統，并選擇定點醫療單位時也沒有引入競爭機構，這就保護了落后的公立衛生機構，不利于醫療機構工作效率的提高。而且有調查顯示，很多醫院被新農合選為定點醫療單位后，次均住院費和門診費用上漲較快，不合理用藥、不合理檢查問題比較突出，農民從報銷中得到的實惠被不斷上升的醫療費用抵銷了，在一些地區，甚至出現了醫患雙方共同欺騙新農合組織，騙取醫療補助的現象。

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